#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=AlphaFold-CPU-Prediction
#SBATCH --nodes=1
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#SBATCH --time=8:00:00

module load alphafold3/v3.0.4

time srun alphafold3 python3 /alphafold3/run_alphafold.py --jax_backend=cpu --flash_attention_implementation=xla --json_path=fold_input.json --output_dir=af_output --db_dir=/data/public_databases --model_dir=/data/models --run_data_pipeline=true --run_inference=true