Skip to content

Περιγραφή

R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS.

R 3.6.1

Παράδειγμα χρήσης

Σε αυτό το παράδειγμα θα δούμε πώς υποβάλλουμε δοκιμαστικά μία εργασία R.

Δημιουργούμε το αρχείο εισόδου, έστω R-3.6.1-case.r:

Αρχείο Εισόδου R

# Test R script
mean(mtcars$mpg)

το οποίο τυπώνει ένα μέσο όρο από ένα δοκιμαστικό δείγμα της R.

Για την υποβολή της εργασίας, χρησιμοποιούμε το submission script, έστω R-3.6.1-case.sh:

Submission Script

#!/bin/bash
#SBATCH -J R-3.6.1-case
#SBATCH -t 01:00

module -q load gcc/9.2.0 r

Rscript R-3.6.1-case.r

Υποβάλλουμε το παραπάνω script προς εκτέλεση με την εντολή:

$ sbatch R-3.6.1-case.sh

Παρακολουθούμε την πορεία της εργασίας με την εντολή squeue.

Το αναμενόμενο αποτέλεσμα φαίνεται στο αρχείο τύπου *.out:

Terminal output
[1] 20.09062

Χρήση κεντρικά εγκατεστημένων R πακέτων

Για να χρησιμοποιήσουμε κάποιο από τα κεντρικά εγκατεστημένα πακέτα της R, θα χρειαστεί να ενεργοποιήσουμε στο terminal ή στο script υποβολής το αντίστοιχο module:

$ module load gcc/9.2.0 r r-gglpot2

Εγκατάσταση R πακέτων σε τοπικό φάκελο

Αν κάποια βιβλιοθήκη της R δεν είναι διαθέσιμη στα κεντρικά εγκατεστημένα πακέτα μπορούμε να την εγκαταστήσουμε σε τοπικό φάκελο (δηλαδή εντός του home directory του χρήστη).

Κατά την εγκατάσταση πακέτων της R σε τοπικό φάκελο προτείνεται η χρήση τελευταίας πάντα έκδοσης της gcc και της R που θα χρησιμοποιήσουμε. Για παράδειγμα:

$ module load gcc/9.2.0 r/4.0.2

Στην συνέχεια δημιουργούμε ένα directory όπου θα τοποθετήσουμε τα νέα πακέτα. Για παράδειγμα:

$ mkdir -p ~/.R/4.0.2

Info

Όπως φαίνεται και στο παράδειγμα καλό και χρήσιμο είναι να χρησιμοποιήσουμε στο όνομα του νέου φακέλου και την έκδοση της R που χρησιμοποιούμε ώστε αν στο μέλλον χρειαστεί να χρησιμοποιήσουμε άλλη έκδοση της R να έχουμε ξεχωριστά τις βιβλιοθήκες της κάθε έκδοσης. Επίσης, o φάκελος που φτιάχνουμε θα πρέπει να βρίσκεται μέσα το $HOME (για αυτό το λόγο χρησιμοποιούμε το χαρακτήρα ~ στην παραπάνω εντολή δημιουργίας ου φακέλου.

Έπειτα ξεκινάμε την κονσόλα της R:

$ R

και εγκαθιστούμε το (ή τα) πακέτο(-α) που χρειαζόμαστε στο παραπάνω νέο path που φτιάξαμε. Για παράδειγμα για να εγκαταστήσουμε τη βιβλιοθήκη igraph της R εκτελούμε:

> install.packages('igraph', repos=http://cran.r-project.org', lib='~/.R/4.0.2')
Έλεγχος πορείας εγκατάστασης

Ελέγχουμε στην έξοδο αν η εγκατάσταση ολοκληρώθηκε επιτυχώς ή αν προέκυψε κάποιο πρόβλημα. Σε περίπτωση επιτυχούς εγκατάστασης αναμένουμε να δούμε κάτι τέτοιο στην έξοδο:

* DONE (igraph)

The downloaded source packages are in
    ‘/path/to/downloaded_packages’

Αντίστοιχα, σε περίπτωση αποτυχίας κάτι τέτοιο:

ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
* removing ‘/path/to/igraph’

The downloaded source packages are in
    ‘/path/to/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("igraph", repos = "http://cran.r-project.org",  :
  installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status

Για να ελέγξουμε εάν μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το πακέτο που εγκαταστήσαμε, θα πρέπει μέσα στο περιβάλλον της R να εκτελέσουμε την παρακάτω εντολή:

> .libPaths('~/.R/4.0.2')

Έπειτα ελέγχουμε ότι η βιβλιοθήκη είναι διαθέσιμη φορτώνοντάς την στο περιβάλλον, δηλαδή εκτελώντας την εντολή:

> library('igraph')

Χρήση τοπικού φακέλου μέσα από jobs

Για να χρησιμοποιηθεί η τοπική εγκατάσταση βιβλιοθηκών μέσα από jobs που στέλνουμε στη συστοιχία απαραίτητο είναι στο R script να συμπεριλάβουμε την εξής γραμμή:

.libPaths('~/.R/4.0.2')