Skip to content

Περιγραφή

R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS.

R 3.6.1

Παράδειγμα χρήσης

Σε αυτό το παράδειγμα θα δούμε πώς υποβάλλουμε δοκιμαστικά μία εργασία R.

Δημιουργούμε το αρχείο εισόδου, έστω R-3.6.1-case.r:

Αρχείο Εισόδου R

# Test R script
mean(mtcars$mpg)

το οποίο τυπώνει ένα μέσο όρο από ένα δοκιμαστικό δείγμα της R.

Για την υποβολή της εργασίας, χρησιμοποιούμε το submission script, έστω R-3.6.1-case.sh:

Submission Script

#!/bin/bash
#SBATCH -J R-3.6.1-case
#SBATCH -t 01:00

module -q load gcc/9.2.0 r

Rscript R-3.6.1-case.r

Υποβάλλουμε το παραπάνω script προς εκτέλεση με την εντολή:

$ sbatch R-3.6.1-case.sh

Παρακολουθούμε την πορεία της εργασίας με την εντολή squeue.

Το αναμενόμενο αποτέλεσμα φαίνεται στο αρχείο τύπου *.out:

Terminal output
[1] 20.09062

Χρήση κεντρικά εγκατεστημένων R πακέτων

Για να χρησιμοποιήσουμε κάποιο από τα κεντρικά εγκατεστημένα πακέτα της R, θα χρειαστεί να ενεργοποιήσουμε στο terminal ή στο script υποβολής το αντίστοιχο module:

$ module load gcc/9.2.0 r r-gglpot2

Εγκατάσταση R πακέτων

Κατά την εγκατάσταση πακέτων της R χρησιμοποιούμε την latest έκδοδη του gcc και την έκδοση της R που θα χρησιμοποιήσουμε. Για παράδειγμα:

$ module load gcc/9.2.0 r

Στην συνέχεια δημιουργούμε ένα directory όπου θα τοποθετήσουμε τα νέα πακέτα. Για παράδειγμα:

$ mkdir -p $HOME/.R/3.6.1

Info

To συγκεκριμένο directory θα πρέπει να βρίσκεται στο $HOME ώστε τα πακέτα που εγκαθιστούμε να μπορούν να χρησιμοποιηθούν από τις εργασίες που θα τρέξουμε στο cluster.

Ξεκινάμε την κονσόλα της R, από το home με την εντολή:

$ R

και ορίζουμε το κατάλληλο library PATH. Για παράδειγμα:

> .libPaths('~/.R/3.6.1')

Τέλος, εγκαθιστούμε το πακέτο που χρειαζόμαστε. Για παράδειγμα:

> install.packages('igraph')

Για να ελέγξουμε εάν μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το πακέτο που εγκαταστήσαμε, δίνουμε την εντολή:

> library('igraph')