Skip to content

Περιγραφή

RQGIS: Integrating R with QGIS: A Free and Open Source Geographic Information System

HOME Page

RQGIS 1.0.3

Παράδειγμα χρήσης

Μεταβαίνουμε στο $SCRATCHDIR όπου δημιουργούμε ένα νέο φάκελο:

# cd $SCRATCHDIR
# mkdir rqgis-1.0.3-case
# cd rqgis-1.0.3-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε το R script το οποίο θέλουμε να τρέξουμε στη συστοιχία.

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε το R script rqgis-test.R, το οποίο έχει δημιουργηθεί με βάση το documentation του RQGIS

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας εργασίας που τρέχει το RQGIS στη συστοιχία είναι το εξής:

#!/bin/bash
#PBS -N rqgis-1.0.3-case
#PBS -q see
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=10:00

cd $PBS_O_WORKDIR

module load gcc/7.2.0 QGIS/2.18.19 RQGIS/1.0.3

#Activate Conda QGIS environment
source activate qgis

#Start X Virtual Framebuffer at display :1
Xvfb :1 -screen 0 1024x768x8 &
export DISPLAY=:1

#Run the R script
Rscript rqgis-test.R &> output.log

#Stop the Xvfb process
export XVFB_PID=`pgrep -f "Xvfb ${DISPLAY}"`
kill $XVFB_PID

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω rqgis-1.0.3-case.sh), το οποίο θα πρέπει να τοποθετηθεί στο φάκελο $SCRATCHDIR/rqgis-1.0.3-case.

Υποβάλλουμε την εργασία προς εκτέλεση στην υπολογιστική συστοιχία με την εντολή:

# qsub rqgis-1.0.3-case.sh

Παρακολουθούμε με qstat την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω του αρχείου output.log. Για παράδειγμα με τις εντολές:

# tail -f output.log

RQGIS στο User Interface

Για να δοκιμάσουμε ένα R script στο User Interface για λόγους debugging, πριν προχωρήσουμε σε υποβολή εργασίας, θα χρειαστεί να ενεργοποιήσουμε τα απαραίτητα modules:

# module load gcc/7.2.0 QGIS/2.18.19 RQGIS/1.0.3

και το Conda environment στο οποίο έχει εγκατασταθεί το QGIS:

# source activate qgis

Στην συνέχεια, μπορούμε να τρέξουμε τοπικά το script, με την εντολή:

# Rscript rqgis-test.R

Χρήσιμες πληροφορίες

Αναλυτικές οδηγίες για την χρήση του RQGIS μπορείτε να βρείτε στο rjournal RQGIS: Integrating R with QGIS for Statistical Geocomputing