Περιγραφή

Fast ancestry estimation

ADMIXTURE 1.3.0

• HOME Page
• Documentation

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=admixture-1.3.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=20

module load admixture/1.3.0

admixture -j$SLURM_NTASKS --cv hapmap3.bed 3

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε ως input τα hapmap3 sample data files

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω admixture-1.3.0-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:

# mkdir admixture-1.3.0-case
# cd admixture-1.3.0-case
# module load admixture
# cp $HAPMAP/hapmap3.* .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch admixture-1.3.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Εφόσον η εργασία ολοκληρωθεί επιτυχώς θα παραχθεί τα αρχεία hapmap3.3.Q και hapmap3.3.P.