Skip to content

Παραμετρικές εργασίες

Για την υποβολή πολλαπλών εργασιών χρησιμοποιείται το εξής SBATCH directive στο script που υποβάλλουμε:

#SBATCH --array x-y
#SBATCH -a x-y              # Τα δύο directives έχουν το ίδιο αποτέλεσμα

Όπου x,y ακέραιοι με x<y.

Με το παραπάνω SBATCH directive στο script υποβολής ορίζεται ένα array από x εώς y.

Το παρακάτω script (έστω parametric-example.sh) θα υποβάλει 4 εργασίες, όπου η κάθε μια θα έχει στην μεταβλητή $SLURM_ARRAY_TASK_ID μία τιμή από το array.

Παράδειγμα
#!/bin/bash
#SBATCH -t 00:01:00
#SBATCH -a 1-4

echo "ARRAY_JOB_ID = " $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo "ARRAY_TASK_ID = " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
sleep 60

Έστω ότι υποβάλλεται το παραπάνω script με sbatch και ότι το αναγνωριστικό (JOB_ID) της εργασίας που μας επιστρέφει είναι 7168.

Για κάθε ένα από τα ανεξάρτητα jobs παράγεται ένα output αρχείο με όνομα slurm-7168_ARRAY_TASK_ID.out, όπου ARRAY_TASK_ID οι δοθέντες αριθμοί, από 1 έως 4.

Η τελική μορφή του αρχείου slurm-7168_1.out θα είναι

ARRAY_JOB_ID =  7168
ARRAY_TASK_ID =  1

Τα task IDs ενός array είναι επίσης δυνατόν να αυξάνονται κατά ένα σταθερό βήμα. Για παράδειγμα, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το SBATCH directive

#SBATCH --array=0-15:4

το οποίο έχει το ίδιο αποτέλεσμα με το #SBATCH --array=0,4,8,12.

Επιπλέον, μπορούμε να καθορίσουμε τον αριθμό των tasks που είναι δυνατόν να εκτελούνται ταυτόχρονα χρησιμοποιώντας το σύμβολο %. Για παράδειγμα, χρησιμοποιώντας το SBATCH directive

#SBATCH --array=0-15%4

μόνο 4 tasks μπορούν να τρέχουν την ίδια στιγμή.

Έλεγχος του status μίας παραμετρικής εργασίας

Για να δούμε μία λίστα με το status στο οποίο βρίσκονται όλες οι εργασίες του job array που έχουμε υποβάλει, μπορούμε να χρησιμοποιούμε την εντολή:

# squeue

Εάν θέλουμε να ελέγξουμε το status των εργασιών συγκεκριμένου array, για παράδειγμα με JOB_ID: 7168, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την εντολή squeue ως εξής:

# squeue --job 7168

Εάν θέλουμε να ελέγξουμε το status συγκεκριμένης εργασίας, συγκεκριμένου array, για παράδειγμα με JOB_ID: 7168 και ARRAY_TASK_ID: 3, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την εντολή squeue ως εξής:

# squeue --job 7168_3

Ακύρωση παραμετρικών εργασίων

Για να ακυρώσουμε μία ολόκληρη ομάδα παραμετρικών εργασιών, για παράδειγμα με JOB_ID: 7168, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την εντολή scancel ως εξής:

# scancel 7168

Για να ακυρώσουμε μία συγκεκριμένη εργασία, συγκεκριμένου array, για παράδειγμα με JOB_ID: 7168 και ARRAY_TASK_ID: 3, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την εντολή scancel ως εξής:

# scancel 7168_3

Για να ακυρώσουμε μία ομάδα εργασιών ενός συγκεκριμένου array, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε την εντολή scancel ως εξής:

# scancel 7168_[1-3]

Σύνθετες επιλογές για την υποβολή πολλαπλών σειριακών εργασιών

Αν θέλουμε διαφορετικές τιμές για την μεταβλητή που θα χρησιμοποιήσουμε για να τρέξουμε τις εργασίες, έχουμε 2 επιλογές:

Μπορούμε να κάνουμε πράξεις με την τιμή του $SLURM_ARRAY_TASK_ID

MyParameter=$(bc <<<"scale=2 ; ($SLURM_ARRAY_TASK_ID / 3) + 5 * (3 + 1)" )

Η παραπάνω εντολή αποθηκεύει στη μεταβλητή MyParameter το αποτέλεσμα των πράξεων με την $SLURM_ARRAY_TASK_ID.

Για $SLURM_ARRAY_TASK_ID = 1 η MyParameter παίρνει την τιμή 20,33.

Η παράμετρος scale ορίζει τον αριθμό των δεκαδικών ψηφίων.

Για να πάρουμε την τιμή της MyParameter στο script μας πρέπει να την γράψουμε με το σύμβολο $.Το MyParameterαναφέρεται στη μεταβλητή, ενώ το $MyParameter στην τιμή της.


Η άλλη επιλογή που έχουμε είναι να πάρουμε τις τιμές που θέλουμε από ένα αρχείο.

Έστω ότι έχουμε το αρχείο arguments.txt που είναι της μορφής:

arguments.txt
A 100
B 101
C 102
D 103
E 104
F 105
G 106
H 107
I 108
J 109

Με το ακόλουθο script (έστω parametric-args.sh) διαβάζουμε τις τιμές από το αρχείο και τις καταχωρούμε σε μεταβλητές που μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε.

Παράδειγμα
#!/bin/bash
#SBATCH -t 00:01:00
#SBATCH -a 1-10

args=`sed -n "${SLURM_ARRAY_TASK_ID} p" arguments.txt`
arglist=($args)
arg1=${arglist[0]}
arg2=${arglist[1]}

echo "ARRAY_TASK_ID =" ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}
echo "arg1 =" $arg1
echo "arg2 =" $arg2
sleep 60

Με τις εντολές:

args=`sed -n "${SLURM_ARRAY_TASK_ID} p" arguments.txt`
arglist=($args)

δημιουργούμε τη μεταβλητή arglist η οποία είναι μια λίστα που περιέχει δύο διανύσματα, τα arglist[0] και arglist[1]. Το arglist[0] περιέχει τα γράμματα A εως J και η arglist[1] περιέχει τα νούμερα 101 εώς 109.

Για τις διάφορες τιμές του SLURM_ARRAY_TASK_ID οι μεταβλητές arg1 και arg2 παίρνουν τις αντίστοιχες τιμές.

Για $SLURM_ARRAY_TASK_ID = 1, arg1 = Α και arg2 = 101.

Για $SLURM_ARRAY_TASK_ID = 5, arg1 = Ε και arg2 = 104.

Αλλάζοντας το #SBATCH -a 1-10 μπορούμε να διαλέξουμε ποιές σειρές στο αρχείο θέλουμε να διαβάσουμε. π.χ. Αν το αρχείο arguments.txt ήταν της μορφής:

arguments.txt
intro
abc

A 100
B 101
C 102
D 103
E 104
F 105
G 106
H 107
I 108
J 109

και θέλαμε τις τιμές E 104 (όγδοη σειρά του αρχείου arguments.txt) εώς H 107(ενδέκατη σειρά του αρχείου arguments.txt), θα χρησιμοποιούσαμε #SBATCH -a 8-11.