Κεντρικά διαθέσιμο¶
Παρακάτω δίνεται το διαθέσιμο λογισμικό στην Ιδρυματική συστοιχία "Αριστοτέλης". Σημειώστε ότι κάθε λογισμικό ή εφαρμογή μπορεί να είναι εγκατεστημένο σε περισσότερες από μία εκδόσεις.
Αίτηση για εγκατάσταση λογισμικού
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Λίστες λογισμικών/εφαρμογών¶
Διαθέσιμο λογισμικό με gcc/9.2.0 και openmpi/3.1.4
-- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.4-bzxo26r/gcc/9.2.0 --
cdo/1.9.7.1 gromacs/2018.1 hdf5/1.10.5 netcdf/4.7.2 r-ncdf4/1.16.1
fftw/3.3.8 gromacs/2019.2 (D) ncview/2.1.7 openfoam/1906 scotch/6.0.6
------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/gcc/9.2.0 -------------
apr-util/1.6.1 pkgconf/1.6.3 r-polynom/1.4-0
apr/1.7.0 proj/5.2.0 r-prettyunits/1.0.2
autoconf/2.69 proj/6.2.0 (D) r-processx/3.4.1
automake/1.16.1 py-numpy/1.17.3 r-progress/1.2.2
bdftopcf/1.0.5 py-setuptools/41.4.0 r-ps/1.3.0
bison/3.4.2 py-virtualenv/16.7.6 r-purrr/0.3.2
boost/1.70.0 python/3.7.4 r-r6/2.4.0
bzip2/1.0.8 r-askpass/1.1 r-raster/2.9-23
cairo/1.16.0 r-assertthat/0.2.1 r-rcolorbrewer/1.1-2
cgal/4.13 r-backports/1.1.4 r-rcpp/1.0.2
cmake/3.15.4 r-base64enc/0.1-3 r-rcppeigen/0.3.3.5.0
curl/7.63.0 r-bh/1.69.0-1 r-readr/1.3.1
diffutils/3.7 r-boot/1.3-23 r-readxl/1.3.1
expat/2.2.9 r-broom/0.5.2 r-rematch/1.0.1
flex/2.6.1 r-callr/3.3.1 r-reprex/0.3.0
font-util/1.3.2 r-cellranger/1.1.0 r-reshape2/1.4.3
fontconfig/2.12.3 r-class/7.3-15 r-rgdal/1.4-4
fontsproto/2.1.3 r-classint/0.4-1 r-rgeos/0.5-1
freetype/2.10.1 r-cli/1.1.0 r-rlang/0.4.0
gdal/3.0.1 r-clipr/0.7.0 r-rmarkdown/1.14
geos/3.7.2 r-colorspace/1.4-1 r-rstudioapi/0.10
glib/2.56.3 r-crayon/1.3.4 r-rvest/0.3.4
gmake/4.2.1 r-curl/4.0 r-scales/1.0.0
gmp/6.1.2 r-data-table/1.12.2 r-segmented/1.0-0
gobject-introspection/1.56.1 r-dbi/1.0.0 r-selectr/0.4-1
gperf/3.0.4 r-dbplyr/1.4.2 r-sf/0.7-7
harfbuzz/2.3.1 r-digest/0.6.20 r-sp/1.3-1
help2man/1.47.11 r-dplyr/0.8.3 r-stringi/1.4.3
hwloc/1.11.11 r-e1071/1.7-2 r-stringr/1.4.0
icu4c/64.1 r-ellipsis/0.2.0.1 r-sys/3.2
inputproto/2.3.2 r-evaluate/0.14 r-tibble/2.1.3
json-c/0.13.1 r-fansi/0.4.0 r-tidyr/0.8.3
kbproto/1.0.7 r-forcats/0.4.0 r-tidyselect/0.2.5
libbeagle/3.1.2 r-formatr/1.7 r-tidyverse/1.2.1
libfontenc/1.1.3 r-fs/1.3.1 r-tinytex/0.15
libgeotiff/1.5.1 r-generics/0.0.2 r-units/0.6-3
libjpeg-turbo/2.0.3 r-ggplot2/3.2.0 r-utf8/1.1.4
libpng/1.6.37 r-glue/1.3.1 r-vctrs/0.2.0
libpthread-stubs/0.4 r-gtable/0.3.0 r-viridislite/0.3.0
libtool/2.4.6 r-haven/2.1.1 r-whisker/0.3-2
libx11/1.6.7 r-highr/0.8 r-withr/2.1.2
libxau/1.0.8 r-hms/0.5.0 r-xfun/0.8
libxfont/1.5.2 r-htmltools/0.3.6 r-xml2/1.2.2
libxft/2.3.2 r-httr/1.4.1 r-yaml/2.2.0
libxml2/2.9.9 r-jsonlite/1.6 r-zeallot/0.1.0
libxscrnsaver/1.2.2 r-kernsmooth/2.23-15 r/3.6.1
libxt/1.1.5 r-knitr/1.24 readline/8.0
lz4/1.9.2 r-labeling/0.3 renderproto/0.11.1
m4/1.4.18 r-lattice/0.20-38 scons/3.1.1
miniconda2/4.6.14 r-lazyeval/0.2.2 scrnsaverproto/1.2.2
miniconda3/4.6.14 r-lme4/1.1-21 serf/1.3.9
mkfontdir/1.0.7 r-lubridate/1.7.4 slurm/17-11-8-1
mkfontscale/1.1.2 r-magrittr/1.5 sqlite/3.30.1
mpfr/4.0.2 r-markdown/1.1 subversion/1.12.2
nasm/2.14.02 r-mass/7.3-51.4 swig/4.0.0
ncurses/6.1 r-matrix/1.2-17 tar/1.32
netlib-lapack/3.8.0 r-mgcv/1.8-28 tcl/8.6.8
nlopt/2.5.0 r-mime/0.7 texlive/live
numactl/2.0.12 r-minqa/1.2.4 tk/8.6.8
openblas/0.3.7 r-modelr/0.1.5 udunits2/2.2.24
openjdk/11.0.2 r-munsell/0.5.0 utf8proc/2.4.0
openjpeg/2.1.2 r-nlme/3.1-141 xcb-proto/1.13
openmpi/3.1.4 (L) r-nloptr/1.2.1 xclip/0.13
openssl/1.1.1d r-openssl/1.4.1 xextproto/7.3.0
pandoc/2.7.3 r-pillar/1.4.2 xproto/7.0.31
pango/1.41.0 r-pkgconfig/2.0.2 xtrans/1.3.5
perl/5.30.0 r-plogr/0.2.0 xz/5.2.4
pixman/0.38.0 r-plyr/1.8.4 zlib/1.2.11
--------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ----------------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 (L) pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5
---------------------------------- /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ----------------------------------
ASReml/4.1.0 STAR-CD/4.28.033
AnsysEM/2019R1 STAR-CD/4.30.029 (D)
CASA/5.6.0-60 STEMSim/R643
CONVERGE-IntelMPI/3.0.8 STEMsalabim/5.0.0
CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8 WPS/4.1-intel
CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8 WPS/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8 WRF/4.1.2-intel-avx
CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8 WRF/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-OMPI/3.0.8 admixture/1.3.0
CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8 amber/18
CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8 ansa/v19.1.1
CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8 ansa/v19.1.2 (D)
CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8 ansys/2019R1
CONVERGE/2.4.23 ansys/2019R3 (D)
CONVERGE/3.0.5 (D) coda/2.21.1
Chaste/2017.1 examl/3.0.21
Ferret/7.5.0 harp/1.10
GAMS/27.3.0 idl/8.4 (D)
GEMMA/0.98.1 idl/8.7.3
MESA/r1039 iqtree/1.6.11
Mathematica/12.0.0 modeltest/0.1.5
MrBayes/3.2.7a multistrand/2.1.3
NUPACK/3.2.2 openEMS/0.0.35
OpenSees/3.0.2 (D) orca/4.2.1-openmpi-3.1.4
OpenSees/3.1.0 panoply/4.11.1
PartitionFinder/2.1.1 raxml-ng/0.9.0
PatternCNV/1.0 sambada/0.8.1
REACTA/0.9.7 thermo_pw/1.1.1
STAR-CCM/13.04.011 vmd/1.9.4
STAR-CCM/14.06.013 (D) ximmer/9d165ea
------------------------------ /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core -------------------------------
lmod settarg
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
Διαθέσιμο λογισμικό με gcc/8.2.0 και openmpi/3.1.4
-- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.4-nhgwvph/gcc/8.2.0 --
hdf5/1.8.19 netcdf-cxx/4.2 raxml/8.2.11 valgrind/3.15.0
hdf5/1.10.5 (D) netcdf/4.7.2 (D) scalasca/2.5
------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/gcc/8.2.0 -------------
apr-util/1.6.0 perl-module-build/0.4224
apr/1.6.2 perl-net-http/6.17
at-spi2-atk/2.26.2 perl-test-needs/0.002005
at-spi2-core/2.28.0 perl-try-tiny/0.28
atk/2.30.0 perl-uri/1.72
autoconf/2.69 perl-www-robotrules/6.02
automake/1.16.1 perl-xml-parser/2.44
bcftools/1.9 perl/5.26.2
bdftopcf/1.0.5 perl/5.30.0 (D)
beast1/1.10.0-py-27 picard/2.18.3
beast1/1.10.4-py-27 (D) pixman/0.34.0
beast2/2.4.6 pixman/0.38.0 (D)
beast2/2.6.0 (D) pkgconf/1.4.2
bedtools2/2.27.1 pkgconf/1.6.3 (D)
bison/3.0.5 plink/1.07
bison/3.4.2 (D) proj/5.0.1
boost/1.68.0 proj/6.2.0 (D)
boost/1.70.0 (D) py-babel/2.7.0
bowtie2/2.3.4.1-py-27 py-backports-functools-lru-cache/1.5-py-27
bwa/0.7.17 py-basemap/1.0.7-py-27
bzip2/1.0.6 py-bottleneck/1.2.1-py-27
bzip2/1.0.8 (D) py-bottleneck/1.2.1 (D)
cairo/1.14.12-py-27 py-certifi/2019.9.11
cairo/1.16.0-py-27 py-chardet/3.0.4
cairo/1.16.0 (D) py-click/7.0
cgal/4.13 py-colormath/3.0.0
charmpp/6.8.2 py-cycler/0.10.0-py-27
cmake/3.9.6 py-cycler/0.10.0 (D)
cmake/3.12.3 py-cython/0.27-py-27
cmake/3.15.4 (D) py-cython/0.28.3-py-27
cubew/4.4.1 py-cython/0.28.3 (D)
cubew/4.4.3 (D) py-dateutil/2.5.2-py-27
cuda/9.0.176 py-dateutil/2.5.2 (D)
cuda/9.2.88 py-decorator/4.4.0
cuda/10.0.130 (D) py-faststructure/1.0-py-27
curl/7.60.0 py-functools32/3.2.3-2-py-27
curl/7.63.0 (D) py-future/0.16.0-py-27
dbus/1.12.8 py-future/0.17.1 (D)
diffutils/3.6 py-htseq/0.9.1-py-27
diffutils/3.7 (D) py-htseq/0.11.1-py-27 (D)
docbook-xml/4.5 py-idna/2.8
docbook-xsl/1.79.2 py-jinja2/2.10.3
double-conversion/2.0.1 py-kiwisolver/1.0.1-py-27
expat/2.2.5 py-kiwisolver/1.0.1
expat/2.2.9 (D) py-kiwisolver/1.1.0 (D)
fastqc/0.11.7 py-lzstring/1.0.3
fixesproto/5.0 py-mako/1.0.4
flex/2.6.1 py-markdown/3.1.1
font-util/1.3.2 py-markupsafe/1.1.1
fontconfig/2.12.3 py-matplotlib/2.2.3-py-27
fontsproto/2.1.3 py-matplotlib/2.2.3
fpc/3.0.2 py-matplotlib/3.0.0 (D)
freetype/2.9.1 py-multiqc/1.7
freetype/2.10.1 (D) py-networkx/2.2
gccmakedep/1.0.3 py-numexpr/2.6.5-py-27
gdal/2.3.1 py-numexpr/2.6.5 (D)
gdal/3.0.1 (D) py-numpy/1.15.2-py-27
gdk-pixbuf/2.38.0 py-numpy/1.15.2
geos/3.6.2 py-numpy/1.17.3 (D)
geos/3.7.2 (D) py-pandas/0.23.4-py-27
ghostscript-fonts/8.11 py-pandas/0.23.4 (D)
ghostscript/9.21 py-pillow/5.1.0-py-27
ghostscript/9.26 (D) py-pillow/5.1.0
glew/2.0.0 py-pillow/6.2.0 (D)
glib/2.56.2-py-27 py-pip/10.0.1-py-27
glib/2.56.3-py-27 py-pip/10.0.1 (D)
glib/2.56.3 (D) py-pyparsing/2.2.0-py-27
glproto/1.4.17 py-pyparsing/2.2.0
gmake/4.2.1 py-pyparsing/2.4.2 (D)
gmp/6.1.2 py-pyqt/4.11.3-py-27
gobject-introspection/1.49.2-py-27 py-pysam/0.14.1-py-27
gobject-introspection/1.56.1-py-27 py-pytest-runner/5.1
gobject-introspection/1.56.1 (D) py-python-dateutil/2.8.0
gperf/3.0.4 py-pytz/2017.2-py-27
gperftools/2.7 py-pytz/2017.2
gsl/2.5 py-pytz/2019.3 (D)
gtkplus/3.20.10 py-pyyaml/5.1.2
harfbuzz/2.3.1-py-27 py-requests/2.22.0
harfbuzz/2.3.1 (D) py-scientificpython/2.8.1-py-27
hdf/4.2.13 py-scikit-learn/0.20.0-py-27
hdf5/1.10.4 py-scipy/1.1.0-py-27
help2man/1.47.4 py-scipy/1.1.0 (D)
help2man/1.47.11 (D) py-setuptools-scm/3.1.0-py-27
htslib/1.9 py-setuptools-scm/3.3.3 (D)
hwloc/1.11.9 py-setuptools/40.4.3-py-27
hwloc/1.11.11 (D) py-setuptools/40.4.3
icu4c/64.1 py-setuptools/41.4.0 (D)
igraph/0.7.1 py-simplejson/3.10.0
image-magick/7.0.5-9 py-sip/4.16.7-py-27
inputproto/2.3.2 py-six/1.11.0-py-27
intel-tbb/2019 py-six/1.11.0
intltool/0.51.0 py-six/1.12.0 (D)
iozone/3_465 py-spectra/0.0.11
jdk/1.8.0_141-b15 py-subprocess32/3.2.7-py-27
jdk/11.0.2_9 (D) py-urllib3/1.25.6
json-c/0.13.1 py-virtualenv/16.0.0-py-27
jsoncpp/1.9.1 py-xvfbwrapper/0.2.9-py-27
kbproto/1.0.7 python/2.7.15
lcms/2.9 python/3.7.0
libbeagle/2.1.2-py-27 python/3.7.4 (D)
libconfig/1.5 qhull/2015.2
libedit/3.1-20170329 qt/5.13.1
libepoxy/1.4.3 r-assertthat/0.2.1-py-27
libfontenc/1.1.3 r-assertthat/0.2.1 (D)
libgcrypt/1.8.5 r-backports/1.1.4-py-27
libgeotiff/1.4.2 r-backports/1.1.4 (D)
libgeotiff/1.5.1 (D) r-bh/1.69.0-1
libgpg-error/1.36 r-cli/1.1.0-py-27
libjpeg-turbo/1.5.90 r-cli/1.1.0 (D)
libjpeg-turbo/2.0.3 (D) r-colorspace/1.4-1-py-27
libmng/2.0.3 r-crayon/1.3.4
libpng/1.6.34 r-digest/0.6.20-py-27
libpng/1.6.37 (D) r-digest/0.6.20 (D)
libpthread-stubs/0.4 r-ellipsis/0.2.0.1-py-27
libx11/1.6.5 r-ellipsis/0.2.0.1 (D)
libx11/1.6.7 (D) r-fansi/0.4.0-py-27
libxfixes/5.0.2 r-fansi/0.4.0 (D)
libxfont/1.5.2 r-glue/1.3.1-py-27
libxft/2.3.2 r-glue/1.3.1 (D)
libxi/1.7.6 r-hms/0.5.0-py-27
libxkbcommon/0.8.2 r-lattice/0.20-38-py-27
libxkbfile/1.0.9 r-lattice/0.20-38 (D)
libxml2/2.9.8 r-matrix/1.2-17-py-27
libxml2/2.9.9 (D) r-methodss3/1.7.1-py-27
libxslt/1.1.33 r-munsell/0.5.0-py-27
libxt/1.1.5 r-nlme/3.1-141-py-27
libxtst/1.2.2 r-oo/1.21.0-py-27
libyaml/0.2.2 r-pillar/1.4.2-py-27
libzip/1.2.0 r-pillar/1.4.2 (D)
llvm/9.0.0 r-pkgconfig/2.0.2-py-27
lz4/1.8.1.2 r-pkgconfig/2.0.2 (D)
lz4/1.9.2 (D) r-prettyunits/1.0.2-py-27
lzma/4.32.7 r-r6/2.4.0-py-27
lzo/2.09 r-raster/2.9-23-py-27
m4/1.4.18 r-rcpp/1.0.2-py-27
makedepend/1.0.5 r-rcpp/1.0.2 (D)
matlab/R2018b r-rgdal/1.4-4-py-27
mesa/18.3.6 r-rlang/0.4.0-py-27
meson/0.49.1 r-rlang/0.4.0 (D)
metis/5.1.0 r-sp/1.3-1-py-27
miniconda2/4.5.11 r-stringi/1.4.3-py-27
miniconda3/4.5.11 r-stringr/1.4.0-py-27
miniconda3/4.6.14 (D) r-tibble/2.1.3-py-27
mkfontdir/1.0.7 r-utf8/1.1.4-py-27
mkfontscale/1.1.2 r-utf8/1.1.4 (D)
mothur/1.40.5 r-utils/2.5.0-py-27
mpfr/4.0.2 r-vctrs/0.2.0-py-27
muparser/2.2.6.1 r-vctrs/0.2.0 (D)
nasm/2.13.03 r-zeallot/0.1.0-py-27
nasm/2.14.02 (D) r-zeallot/0.1.0 (D)
ncurses/6.1 r/3.6.1
netcdf-fortran/4.4.4 readline/7.0
netcdf/4.6.1 readline/8.0 (D)
netlib-lapack/3.8.0 recordproto/1.14.2
ninja/1.9.0 renderproto/0.11.1
nlopt/2.5.0-py-27 samtools/1.9
numactl/2.0.11 scons/3.0.1-py-27
numactl/2.0.12 (D) serf/1.3.9-py-27
octave/4.4.1 shared-mime-info/1.9
openblas/0.3.3 singularity/2.6.0
openblas/0.3.7 (D) slurm/17-11-8-1
openjdk/11.0.2 sparsehash/2.0.3
openjpeg/2.1.2 sqlite/3.23.1
openmpi/3.1.3 sqlite/3.30.1 (D)
openmpi/3.1.4 (L,D) sra-toolkit/2.9.2
openssl/1.0.2o subversion/1.9.7-py-27
openssl/1.1.1d (D) swig/3.0.12
otf2/2.2 swig/4.0.0 (D)
pango/1.41.0 tar/1.32
pcre2/10.31 tcl/8.6.8
perl-data-dumper/2.173 tcsh/6.18.01
perl-encode-locale/1.05 tinyxml/2.6.2
perl-extutils-config/0.008 tk/8.6.8
perl-extutils-helpers/0.026 udunits2/2.2.24
perl-extutils-installpaths/0.012 xcb-proto/1.13
perl-extutils-makemaker/7.24 xcb-util-image/0.4.0
perl-extutils-pkgconfig/1.16 xcb-util-keysyms/0.4.0
perl-file-listing/6.04 xcb-util-renderutil/0.3.9
perl-gd/2.53 xcb-util-wm/0.4.1
perl-html-parser/3.72 xcb-util/0.4.0
perl-html-tagset/3.20 xclip/0.13
perl-http-cookies/6.04 xerces-c/3.2.2
perl-http-daemon/6.01 xextproto/7.3.0
perl-http-date/6.02 xkbcomp/1.3.1
perl-http-message/6.13 xkbdata/1.0.1
perl-http-negotiate/6.01 xproto/7.0.31
perl-io-html/1.001 xtrans/1.3.5
perl-libwww-perl/6.33 xz/5.2.4
perl-lwp-mediatypes/6.02 zlib/1.1.2
perl-module-build-tiny/0.039 zlib/1.2.11 (D)
--------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ----------------
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---------------------------------- /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ----------------------------------
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D: Default Module
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Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
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D: Default Module
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Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
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D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
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D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
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AnsysEM/2019R1 STAR-CD/4.30.029 (D)
CASA/5.6.0-60 STEMSim/R643
CONVERGE-IntelMPI/3.0.8 STEMsalabim/5.0.0
CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8 WPS/4.1-intel
CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8 WPS/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8 WRF/4.1.2-intel-avx
CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8 WRF/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-OMPI/3.0.8 admixture/1.3.0
CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8 amber/18
CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8 ansa/v19.1.1
CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8 ansa/v19.1.2 (D)
CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8 ansys/2019R1
CONVERGE/2.4.23 ansys/2019R3 (D)
CONVERGE/3.0.5 (D) coda/2.21.1
Chaste/2017.1 examl/3.0.21
Ferret/7.5.0 harp/1.10
GAMS/27.3.0 idl/8.4 (D)
GEMMA/0.98.1 idl/8.7.3
MESA/r1039 iqtree/1.6.11
Mathematica/12.0.0 modeltest/0.1.5
MrBayes/3.2.7a multistrand/2.1.3
NUPACK/3.2.2 openEMS/0.0.35
OpenSees/3.0.2 (D) orca/4.2.1-openmpi-3.1.4
OpenSees/3.1.0 panoply/4.11.1
PartitionFinder/2.1.1 raxml-ng/0.9.0
PatternCNV/1.0 sambada/0.8.1
REACTA/0.9.7 thermo_pw/1.1.1
STAR-CCM/13.04.011 vmd/1.9.4
STAR-CCM/14.06.013 (D) ximmer/9d165ea
------------------------------ /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core -------------------------------
lmod settarg
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
Διαθέσιμο λογισμικό με intel/19.0.5 και intel-mpi/2019.4.243
----------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/intel/19.0.5 ------------
autoconf/2.69 fontsproto/2.1.3 m4/1.4.18 perl/5.26.2
automake/1.16.1 gmake/4.2.1 miniconda2/4.5.11 perl/5.30.0 (D)
axel/2.16.1 gmp/6.1.2 miniconda3/4.5.11 pkgconf/1.4.2
bison/3.4.2 help2man/1.47.11 mpfr/4.0.2 pkgconf/1.6.3 (D)
boost/1.70.0 hwloc/1.11.9 nasm/2.13.03 python/3.3.5
bzip2/1.0.8 hwloc/1.11.11 (D) ncurses/6.1 readline/7.0
cgal/4.13 intel-mpi/2019.4.243 (L) numactl/2.0.11 readline/8.0 (D)
cmake/3.9.6 jasper/1.900.1 numactl/2.0.12 (D) slurm/17-11-8-1
cmake/3.12.3 libjpeg-turbo/1.5.90 openblas/0.3.7 sqlite/3.30.1
cmake/3.15.4 (D) libpng/1.6.34 openmpi/3.1.2 tar/1.32
curl/7.63.0 libpng/1.6.37 (D) openmpi/3.1.3 xz/5.2.4
diffutils/3.6 libtool/2.4.6 openmpi/3.1.4 (D) zlib/1.2.11
diffutils/3.7 (D) libxml2/2.9.8 openssl/1.0.2o
expat/2.2.9 libxml2/2.9.9 (D) openssl/1.1.1d (D)
--------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ----------------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5 (L)
---------------------------------- /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ----------------------------------
ASReml/4.1.0 STAR-CD/4.28.033
AnsysEM/2019R1 STAR-CD/4.30.029 (D)
CASA/5.6.0-60 STEMSim/R643
CONVERGE-IntelMPI/3.0.8 STEMsalabim/5.0.0
CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8 WPS/4.1-intel
CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8 WPS/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8 WRF/4.1.2-intel-avx
CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8 WRF/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-OMPI/3.0.8 admixture/1.3.0
CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8 amber/18
CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8 ansa/v19.1.1
CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8 ansa/v19.1.2 (D)
CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8 ansys/2019R1
CONVERGE/2.4.23 ansys/2019R3 (D)
CONVERGE/3.0.5 (D) coda/2.21.1
Chaste/2017.1 examl/3.0.21
Ferret/7.5.0 harp/1.10
GAMS/27.3.0 idl/8.4 (D)
GEMMA/0.98.1 idl/8.7.3
MESA/r1039 iqtree/1.6.11
Mathematica/12.0.0 modeltest/0.1.5
MrBayes/3.2.7a multistrand/2.1.3
NUPACK/3.2.2 openEMS/0.0.35
OpenSees/3.0.2 (D) orca/4.2.1-openmpi-3.1.4
OpenSees/3.1.0 panoply/4.11.1
PartitionFinder/2.1.1 raxml-ng/0.9.0
PatternCNV/1.0 sambada/0.8.1
REACTA/0.9.7 thermo_pw/1.1.1
STAR-CCM/13.04.011 vmd/1.9.4
STAR-CCM/14.06.013 (D) ximmer/9d165ea
------------------------------ /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core -------------------------------
lmod settarg
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
Διαθέσιμο λογισμικό με intel/19.0.5 και openmpi/3.1.4
/mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.4-c7taqae/intel/19.0.5.281
netlib-scalapack/2.0.2
----------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/intel/19.0.5 ------------
autoconf/2.69 hwloc/1.11.9 openblas/0.3.7
automake/1.16.1 hwloc/1.11.11 (D) openmpi/3.1.2
axel/2.16.1 intel-mpi/2019.4.243 openmpi/3.1.3
bison/3.4.2 jasper/1.900.1 openmpi/3.1.4 (L,D)
boost/1.70.0 libjpeg-turbo/1.5.90 openssl/1.0.2o
bzip2/1.0.8 libpng/1.6.34 openssl/1.1.1d (D)
cgal/4.13 libpng/1.6.37 (D) perl/5.26.2
cmake/3.9.6 libtool/2.4.6 perl/5.30.0 (D)
cmake/3.12.3 libxml2/2.9.8 pkgconf/1.4.2
cmake/3.15.4 (D) libxml2/2.9.9 (D) pkgconf/1.6.3 (D)
curl/7.63.0 m4/1.4.18 python/3.3.5
diffutils/3.6 miniconda2/4.5.11 readline/7.0
diffutils/3.7 (D) miniconda3/4.5.11 readline/8.0 (D)
expat/2.2.9 mpfr/4.0.2 slurm/17-11-8-1
fontsproto/2.1.3 nasm/2.13.03 sqlite/3.30.1
gmake/4.2.1 ncurses/6.1 tar/1.32
gmp/6.1.2 numactl/2.0.11 xz/5.2.4
help2man/1.47.11 numactl/2.0.12 (D) zlib/1.2.11
--------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ----------------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5 (L)
---------------------------------- /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ----------------------------------
ASReml/4.1.0 STAR-CD/4.28.033
AnsysEM/2019R1 STAR-CD/4.30.029 (D)
CASA/5.6.0-60 STEMSim/R643
CONVERGE-IntelMPI/3.0.8 STEMsalabim/5.0.0
CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8 WPS/4.1-intel
CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8 WPS/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8 WRF/4.1.2-intel-avx
CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8 WRF/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-OMPI/3.0.8 admixture/1.3.0
CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8 amber/18
CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8 ansa/v19.1.1
CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8 ansa/v19.1.2 (D)
CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8 ansys/2019R1
CONVERGE/2.4.23 ansys/2019R3 (D)
CONVERGE/3.0.5 (D) coda/2.21.1
Chaste/2017.1 examl/3.0.21
Ferret/7.5.0 harp/1.10
GAMS/27.3.0 idl/8.4 (D)
GEMMA/0.98.1 idl/8.7.3
MESA/r1039 iqtree/1.6.11
Mathematica/12.0.0 modeltest/0.1.5
MrBayes/3.2.7a multistrand/2.1.3
NUPACK/3.2.2 openEMS/0.0.35
OpenSees/3.0.2 (D) orca/4.2.1-openmpi-3.1.4
OpenSees/3.1.0 panoply/4.11.1
PartitionFinder/2.1.1 raxml-ng/0.9.0
PatternCNV/1.0 sambada/0.8.1
REACTA/0.9.7 thermo_pw/1.1.1
STAR-CCM/13.04.011 vmd/1.9.4
STAR-CCM/14.06.013 (D) ximmer/9d165ea
------------------------------ /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core -------------------------------
lmod settarg
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
Διαθέσιμο λογισμικό με intel/19.0.5 και openmpi/3.1.3
/mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.3-q4h4qu4/intel/19.0.5.281
hdf5/1.8.19 netcdf-fortran/4.4.4 regcm/4.4.5.11
hdf5/1.10.4 (D) netcdf/4.6.1 regcm/4.7.0 (D)
----------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/intel/19.0.5 ------------
autoconf/2.69 fontsproto/2.1.3 m4/1.4.18 perl/5.26.2
automake/1.16.1 gmake/4.2.1 miniconda2/4.5.11 perl/5.30.0 (D)
axel/2.16.1 gmp/6.1.2 miniconda3/4.5.11 pkgconf/1.4.2
bison/3.4.2 help2man/1.47.11 mpfr/4.0.2 pkgconf/1.6.3 (D)
boost/1.70.0 hwloc/1.11.9 nasm/2.13.03 python/3.3.5
bzip2/1.0.8 hwloc/1.11.11 (D) ncurses/6.1 readline/7.0
cgal/4.13 intel-mpi/2019.4.243 numactl/2.0.11 readline/8.0 (D)
cmake/3.9.6 jasper/1.900.1 numactl/2.0.12 (D) slurm/17-11-8-1
cmake/3.12.3 libjpeg-turbo/1.5.90 openblas/0.3.7 sqlite/3.30.1
cmake/3.15.4 (D) libpng/1.6.34 openmpi/3.1.2 tar/1.32
curl/7.63.0 libpng/1.6.37 (D) openmpi/3.1.3 (L) xz/5.2.4
diffutils/3.6 libtool/2.4.6 openmpi/3.1.4 (D) zlib/1.2.11
diffutils/3.7 (D) libxml2/2.9.8 openssl/1.0.2o
expat/2.2.9 libxml2/2.9.9 (D) openssl/1.1.1d (D)
--------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ----------------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5 (L)
---------------------------------- /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ----------------------------------
ASReml/4.1.0 STAR-CD/4.28.033
AnsysEM/2019R1 STAR-CD/4.30.029 (D)
CASA/5.6.0-60 STEMSim/R643
CONVERGE-IntelMPI/3.0.8 STEMsalabim/5.0.0
CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8 WPS/4.1-intel
CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8 WPS/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8 WRF/4.1.2-intel-avx
CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8 WRF/4.1.2-intel (D)
CONVERGE-OMPI/3.0.8 admixture/1.3.0
CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8 amber/18
CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8 ansa/v19.1.1
CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8 ansa/v19.1.2 (D)
CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8 ansys/2019R1
CONVERGE/2.4.23 ansys/2019R3 (D)
CONVERGE/3.0.5 (D) coda/2.21.1
Chaste/2017.1 examl/3.0.21
Ferret/7.5.0 harp/1.10
GAMS/27.3.0 idl/8.4 (D)
GEMMA/0.98.1 idl/8.7.3
MESA/r1039 iqtree/1.6.11
Mathematica/12.0.0 modeltest/0.1.5
MrBayes/3.2.7a multistrand/2.1.3
NUPACK/3.2.2 openEMS/0.0.35
OpenSees/3.0.2 (D) orca/4.2.1-openmpi-3.1.4
OpenSees/3.1.0 panoply/4.11.1
PartitionFinder/2.1.1 raxml-ng/0.9.0
PatternCNV/1.0 sambada/0.8.1
REACTA/0.9.7 thermo_pw/1.1.1
STAR-CCM/13.04.011 vmd/1.9.4
STAR-CCM/14.06.013 (D) ximmer/9d165ea
------------------------------ /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core -------------------------------
lmod settarg
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the "keys".
Εισαγωγή στη χρήση modulefiles¶
Τα λογισμικά/εφαρμογές γίνονται διαθέσιμα με τη χρήση modulefiles. Για παράδειγμα όταν κάνουμε login στη συστοιχία η έκδοση του gcc compiler (μεταγλωττιστή) που είναι διαθέσιμη είναι η 4.8.5:
# gcc --version
gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36)
Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Η έκδοση αυτή ονομάζεται "έκδοση συστήματος".
Για να κάνουμε διαθέσιμη στο περιβάλλον χρήσης (στη γραμμή εντολών) μία άλλη έκδοση θα πρέπει να φορτώσουμε πρώτα το αντίστοιχο modulefile, π.χ. για να χρησιμοποιήσουμε την έκδοση 9.2.0:
# module load gcc/9.2.0
# gcc --version
gcc (Spack GCC) 9.2.0
Copyright (C) 2019 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Παρατηρούμε στην έξοδο της gcc --version ότι η έκδοση είναι η 9.2.0 και όχι αυτή του συστήματος (4.8.5). Αν θέλουμε να δούμε ποιές εκδόσεις του πακέτου/λογισμικού gcc είναι διαθέσιμες θα πρέπει να τρέξουμε την εντολή module avail gcc, π.χ.:
# module avail gcc
------------ /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core -------------
gcc/5.5.0 gcc/6.4.0 gcc/7.3.0 gcc/8.2.0 (D) gcc/9.2.0
Where:
D: Default Module
Use "module spider" to find all possible modules.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching any of the
"keys".
Στην έξοδο της τελευταίας εντολής παρατηρούμε ότι η default έκδοση είναι η 8.2.0, άρα αν καλέσουμε module load gcc χωρίς να καθορίσουμε κάποια συγκεκριμένη έκδοση θα ενεργοποιηθεί η έκδοση 8.2.0 όπως φαίνεται και στο παρακάτω πλαίσιο:
# module load gcc
# gcc --version
gcc (GCC) 8.2.0
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Δομή modulefiles¶
Τα περισσότερα πακέτα λογισμικού που είναι κεντρικά εγκατεστημένα στη συστοιχία έχουν γίνει compile με έναν ή περισσότερους compilers (π.χ. με gcc και με intel). Ομοίως (και ένα επίπεδο παρακάτω) μία παράλληλη εφαρμογή μπορεί να έχει γίνει compile χρησιμοποιώντας περισσότερες από μία mpi υλοποιήσεις (π.χ. και με openmpi και με intel-mpi).
Κατα συνέπεια η δομή των modulefiles που είναι διαθέσιμα είναι ιεραρχική, δηλαδή οι βιβλιοθήκες ή εφαρμογές που έχουν γίνει compile με ένα συγκεκριμένο compiler φαίνονται ως διαθέσιμες με την module avail μόνο αφότου έχουμε φορτώσει στο περιβάλλον το δεδομένο compiler.
Στο πρώτο επίπεδο της ιεραρχίας βρίσκονται οι compilers. Κατόπιν login είναι τα μόνα λογισμικά διαθέσιμα προς χρήση:
# module avail
----- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5
Στο δεύτερο επίπεδο βρίσκονται οι περισσότερες εφαρμογές. Για να τις δούμε ως διαθέσιμα modulefiles θα πρέπει πρώτα να φορτώσουμε ένα compiler, π.χ.:
# module load intel/19.0.5
# module avail
- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/intel/19.0.5 --
autoconf/2.69 hwloc/1.11.9 openmpi/3.1.2
automake/1.16.1 hwloc/1.11.11 (D) openmpi/3.1.3
axel/2.16.1 jasper/1.900.1 openmpi/3.1.4 (D)
bison/3.4.2 libjpeg-turbo/1.5.90 openssl/1.0.2o
boost/1.70.0 libpng/1.6.34 openssl/1.1.1d (D)
bzip2/1.0.8 libpng/1.6.37 (D) perl/5.26.2
cgal/4.13 libtool/2.4.6 perl/5.30.0 (D)
cmake/3.9.6 libxml2/2.9.8 pkgconf/1.4.2
cmake/3.12.3 libxml2/2.9.9 (D) pkgconf/1.6.3 (D)
cmake/3.15.4 (D) m4/1.4.18 python/3.3.5
curl/7.63.0 miniconda2/4.5.11 readline/7.0
diffutils/3.6 miniconda3/4.5.11 readline/8.0 (D)
diffutils/3.7 (D) mpfr/4.0.2 slurm/17-11-8-1
expat/2.2.9 nasm/2.13.03 sqlite/3.30.1
fontsproto/2.1.3 ncurses/6.1 tar/1.32
gmake/4.2.1 numactl/2.0.11 xz/5.2.4
gmp/6.1.2 numactl/2.0.12 (D) zlib/1.2.11
help2man/1.47.11 openblas/0.3.7
----- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ------
gcc/5.5.0 gcc/7.3.0 gcc/9.2.0 pgi/19.7
gcc/6.4.0 gcc/8.2.0 (D) intel/19.0.5 (L)
Κάποιες εφαρμογές που είναι παράλληλες (αξιοποιούν τη χρήση μίας mpi βιβλιοθήκης) βρίσκονται σε τρίτο επίπεδο, π.χ. οι βιλβιοθήκες hdf5:
# module load openmpi/3.1.3
# module avail
------ /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.3-q4h4qu4/intel/19.0.5.281 -------
hdf5/1.8.19 hdf5/1.10.4 (D) netcdf-fortran/4.4.4 netcdf/4.6.1 regcm/4.4.5.11 regcm/4.7.0 (D)
------------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/intel/19.0.5 --------------------
autoconf/2.69 fontsproto/2.1.3 miniconda2/4.5.11 perl/5.30.0 (D)
automake/1.16.1 gmake/4.2.1 miniconda3/4.5.11 pkgconf/1.4.2
axel/2.16.1 gmp/6.1.2 mpfr/4.0.2 pkgconf/1.6.3 (D)
bison/3.4.2 help2man/1.47.11 nasm/2.13.03 python/3.3.5
boost/1.70.0 hwloc/1.11.9 ncurses/6.1 readline/7.0
bzip2/1.0.8 hwloc/1.11.11 (D) numactl/2.0.11 readline/8.0 (D)
cgal/4.13 jasper/1.900.1 numactl/2.0.12 (D) slurm/17-11-8-1
cmake/3.9.6 libjpeg-turbo/1.5.90 openblas/0.3.7 sqlite/3.30.1
cmake/3.12.3 libpng/1.6.34 openmpi/3.1.2 tar/1.32
cmake/3.15.4 (D) libpng/1.6.37 (D) openmpi/3.1.3 (L) xz/5.2.4
curl/7.63.0 libtool/2.4.6 openmpi/3.1.4 (D) zlib/1.2.11
diffutils/3.6 libxml2/2.9.8 openssl/1.0.2o
diffutils/3.7 (D) libxml2/2.9.9 (D) openssl/1.1.1d (D)
expat/2.2.9 m4/1.4.18 perl/5.26.2
----------------------- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ------------------------
gcc/5.5.0 gcc/6.4.0 gcc/7.3.0 gcc/8.2.0 (D) gcc/9.2.0 intel/19.0.5 (L) pgi/19.7
Χρήση spider¶
Για να δούμε ποιά modulefiles θα χρειαστεί πρώτα να φορτώσουμε προκειμένου να κάνουμε μία εφαρμογή διαθέσιμη στο περιβάλλον χρήσης μπορούμε να χρησιμοποιούμε την module spider. Π.χ. για να δούμε ποιές επιλογές έχουμε διαθέσιμες για να "φορτώσουμε" την βιβλιοθήκη fftw (Fastest Fourier Transform in the West) μπορούμε να εκτελέσουμε την εξής εντολή:
# module spider fftw/3.3.8
-------------------------------------------------------------------------------------------
fftw: fftw/3.3.8
-------------------------------------------------------------------------------------------
You will need to load all module(s) on any one of the lines below before the "fftw/3.3.8" m
odule is available to load.
gcc/6.4.0 openmpi/3.1.3
gcc/7.3.0 openmpi/3.1.3
gcc/8.2.0 openmpi/3.1.3
gcc/9.2.0 openmpi/3.1.4
Help:
FFTW is a C subroutine library for computing the discrete Fourier
transform (DFT) in one or more dimensions, of arbitrary input size, and
of both real and complex data (as well as of even/odd data, i.e. the
discrete cosine/sine transforms or DCT/DST). We believe that FFTW, which
is free software, should become the FFT library of choice for most
applications.
Βλέπουμε ότι η συγκερκιμένη βιβλιοθήκη (fftw/3.3.8) υπάρχει τέσσερις φορές εγκατεστημένη και για να την φέρουμε στο περιβάλλον χρήσης θα πρέπει να φορτώσουμε πρώτα ένα συνδυασμό του gcc και του openmpi, π.χ.:
# module load gcc/9.2.0 openmpi/3.1.4
# module load fftw/3.3.8