Κεντρικά διαθέσιμο

Παρακάτω δίνεται το διαθέσιμο λογισμικό στην Ιδρυματική συστοιχία "Αριστοτέλης". Σημειώστε ότι κάθε λογισμικό ή εφαρμογή μπορεί να είναι εγκατεστημένο σε περισσότερες από μία εκδόσεις. Το παρακάτω λογισμικό είναι διαθέσιμο, μετά την ενεργοποίηση των modules gcc και openmpi, δηλαδή με την εκτέλεση της εντολής:

# module load gcc openmpi

Αίτηση για εγκατάσταση λογισμικού

Εάν επιθυμείτε την εγκατάσταση κάποιου λογισμικού που δεν εμφανίζεται στις παρακάτω λίστες μπορείτε να συμπληρώσετε τη σχετική φόρμα εδώ.

Διαθέσιμο λογισμικό

 /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/openmpi/3.1.3-6zvj663/gcc/8.2.0 
   abyss/2.0.2                     netcdf/4.6.1            (D)
   cdo/1.9.6                       netlib-scalapack/2.0.2
   elpa/2016.11.001.pre            openfoam-org/5.0
   elpa/2017.11.001         (D)    parallel-netcdf/1.8.0
   esmf/7.0.1                      parmetis/4.0.3
   fftw/3.3.8                      py-mpi4py/3.0.0-py-27
   hdf5/1.8.19                     py-pytables/3.3.0-py-27
   hdf5/1.10.4              (D)    quantum-espresso/6.2.0
   hpl/2.2                         quantum-espresso/6.4.1  (D)
   ior/3.0.1                       r-ncdf4/1.15-py-27
   lammps/20180822                 raxml/8.2.11
   mrbayes/3.2.7                   regcm/4.4.5.11
   mrbayes/2017-11-22-py-27        scotch/6.0.6
   mrbayes/2017-11-22       (D)    siesta/4.0.1
   ncl/6.5.0-py-27                 superlu-dist/5.3.0
   ncview/2.1.7                    wannier90/2.1.0
   netcdf-fortran/4.4.4     (D)

--- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/gcc/8.2.0 ---
   apr-util/1.6.0
   apr/1.6.2
   bcftools/1.9
   beast1/1.10.0-py-27
   beast1/1.10.4-py-27                        (D)
   beast2/2.4.6
   beast2/2.6.0                               (D)
   bedtools2/2.27.1
   bison/3.0.5
   boost/1.68.0
   bowtie2/2.3.4.1-py-27
   bwa/0.7.17
   bzip2/1.0.6
   bzip2/1.0.8                                (D)
   cairo/1.14.12-py-27
   charmpp/6.8.2
   cmake/3.9.6
   cmake/3.12.3                               (D)
   cubew/4.4.1
   cuda/9.2.88
   cuda/10.0.130                              (D)
   curl/7.60.0
   dbus/1.12.8
   diffutils/3.6
   diffutils/3.7                              (D)
   expat/2.2.5
   expat/2.2.9                                (D)
   fixesproto/5.0
   flex/2.6.1
   fontconfig/2.12.3
   fpc/3.0.2
   freetype/2.9.1
   gdal/2.3.1
   geos/3.6.2
   ghostscript-fonts/8.11
   ghostscript/9.21
   glib/2.56.2-py-27
   gmake/4.2.1
   gmp/6.1.2
   gobject-introspection/1.49.2-py-27
   gperf/3.0.4
   gperftools/2.7
   gsl/2.5
   harfbuzz/1.4.6-py-27
   hdf/4.2.13
   hdf5/1.10.4
   help2man/1.47.4
   htslib/1.9
   hwloc/1.11.9
   icu4c/60.1
   igraph/0.7.1
   image-magick/7.0.5-9-py-27
   inputproto/2.3.2
   intel-tbb/2019
   iozone/3_465
   jdk/1.8.0_141-b15
   jdk/11.0.2_9                               (D)
   json-c/0.13.1
   kbproto/1.0.7
   lcms/2.9
   libbeagle/2.1.2-py-27
   libconfig/1.5
   libgeotiff/1.4.2
   libjpeg-turbo/1.5.90
   libmng/2.0.3
   libpng/1.6.34
   libpthread-stubs/0.4
   libx11/1.6.5
   libxfixes/5.0.2
   libxft/2.3.2
   libxi/1.7.6
   libxml2/2.9.8
   libxml2/2.9.9                              (D)
   libxt/1.1.5
   libxtst/1.2.2
   libzip/1.2.0
   lz4/1.8.1.2
   lzma/4.32.7
   lzo/2.09
   m4/1.4.18
   makedepend/1.0.5
   matlab/R2018b
   metis/5.1.0
   miniconda2/4.5.11
   miniconda3/4.5.11
   mothur/1.40.5
   muparser/2.2.6.1
   nasm/2.13.03
   ncurses/6.1
   netcdf-fortran/4.4.4
   netcdf/4.6.1
   netlib-lapack/3.8.0
   nlopt/2.5.0-py-27
   numactl/2.0.11
   openblas/0.3.3
   openblas/0.3.7                             (D)
   openjpeg/2.1.2
   openmpi/3.1.3                              (L)
   openssl/1.0.2o
   openssl/1.1.1d                             (D)
   pango/1.41.0-py-27
   perl-extutils-makemaker/7.24
   perl-extutils-pkgconfig/1.16
   perl-gd/2.53
   perl-module-build/0.4224
   perl/5.26.2
   perl/5.30.0                                (D)
   picard/2.18.3
   pixman/0.34.0
   pkgconf/1.4.2
   pkgconf/1.6.3                              (D)
   plink/1.07
   proj/5.0.1
   py-backports-functools-lru-cache/1.5-py-27
   py-basemap/1.0.7-py-27
   py-bottleneck/1.2.1-py-27
   py-bottleneck/1.2.1                        (D)
   py-cycler/0.10.0-py-27
   py-cycler/0.10.0                           (D)
   py-cython/0.27-py-27
   py-cython/0.28.3-py-27
   py-cython/0.28.3                           (D)
   py-dateutil/2.5.2-py-27
   py-dateutil/2.5.2                          (D)
   py-faststructure/1.0-py-27
   py-functools32/3.2.3-2-py-27
   py-future/0.16.0-py-27
   py-htseq/0.9.1-py-27
   py-htseq/0.11.1-py-27                      (D)
   py-kiwisolver/1.0.1-py-27
   py-kiwisolver/1.0.1                        (D)
   py-matplotlib/2.2.3-py-27
   py-matplotlib/2.2.3
   py-matplotlib/3.0.0                        (D)
   py-numexpr/2.6.5-py-27
   py-numexpr/2.6.5                           (D)
   py-numpy/1.15.2-py-27
   py-numpy/1.15.2                            (D)
   py-pandas/0.23.4-py-27
   py-pandas/0.23.4                           (D)
   py-pillow/5.1.0-py-27
   py-pillow/5.1.0                            (D)
   py-pip/10.0.1-py-27
   py-pip/10.0.1                              (D)
   py-pyparsing/2.2.0-py-27
   py-pyparsing/2.2.0                         (D)
   py-pyqt/4.11.3-py-27
   py-pysam/0.14.1-py-27
   py-pytz/2017.2-py-27
   py-pytz/2017.2                             (D)
   py-scientificpython/2.8.1-py-27
   py-scikit-learn/0.20.0-py-27
   py-scipy/1.1.0-py-27
   py-scipy/1.1.0                             (D)
   py-setuptools-scm/3.1.0-py-27
   py-setuptools/40.4.3-py-27
   py-setuptools/40.4.3
   py-setuptools/41.4.0                       (D)
   py-sip/4.16.7-py-27
   py-six/1.11.0-py-27
   py-six/1.11.0                              (D)
   py-subprocess32/3.2.7-py-27
   py-virtualenv/16.0.0-py-27
   py-xvfbwrapper/0.2.9-py-27
   python/2.7.15
   python/3.7.0                               (D)
   qhull/2015.2
   qt/4.8.6-py-27
   r-assertthat/0.2.0-py-27
   r-backports/1.1.1-py-27
   r-base64enc/0.1-3-py-27
   r-bh/1.65.0-1-py-27
   r-bindr/0.1.1-py-27
   r-bindrcpp/0.2.2-py-27
   r-bitops/1.0-6-py-27
   r-broom/0.4.2-py-27
   r-callr/3.0.0-py-27
   r-catools/1.17.1-py-27
   r-cellranger/1.1.0-py-27
   r-class/7.3-14-py-27
   r-classint/0.1-24-py-27
   r-cli/1.0.0-py-27
   r-clipr/0.4.0-py-27
   r-codetools/0.2-15-py-27
   r-colorspace/1.3-2-py-27
   r-covr/3.0.1-py-27
   r-crayon/1.3.4-py-27
   r-curl/3.0-py-27
   r-data-table/1.10.4-3-py-27
   r-dbi/0.7-py-27
   r-dbi/1.0.0-py-27                          (D)
   r-dbplyr/1.1.0-py-27
   r-dichromat/2.0-0-py-27
   r-digest/0.6.12-py-27
   r-domc/1.3.4-py-27
   r-doparallel/1.0.11-py-27
   r-dplyr/0.7.5-py-27
   r-e1071/1.6-7-py-27
   r-evaluate/0.10.1-py-27
   r-forcats/0.2.0-py-27
   r-foreach/1.4.3-py-27
   r-foreign/0.8-66-py-27
   r-formatr/1.5-py-27
   r-ggplot2/2.2.1-py-27
   r-glue/1.2.0-py-27
   r-gtable/0.2.0-py-27
   r-haven/1.1.0-py-27
   r-highr/0.6-py-27
   r-hms/0.3-py-27
   r-hms/0.4.1-py-27                          (D)
   r-htmltools/0.3.6-py-27
   r-httpuv/1.3.5-py-27
   r-httr/1.3.1-py-27
   r-igraph/1.1.2-py-27
   r-irlba/2.1.2-py-27
   r-iterators/1.0.8-py-27
   r-jsonlite/1.5-py-27
   r-knitr/1.17-py-27
   r-labeling/0.3-py-27
   r-lattice/0.20-35-py-27
   r-lazyeval/0.2.0-py-27
   r-lme4/1.1-12-py-27
   r-lubridate/1.7.1-py-27
   r-magrittr/1.5-py-27
   r-maptools/0.8-39-py-27
   r-markdown/0.8-py-27
   r-mass/7.3-47-py-27
   r-matrix/1.2-14-py-27
   r-matrixstats/0.52.2-py-27
   r-methodss3/1.7.1-py-27
   r-mime/0.5-py-27
   r-minqa/1.2.4-py-27
   r-mnormt/1.5-5-py-27
   r-modelr/0.1.1-py-27
   r-munsell/0.4.3-py-27
   r-nlme/3.1-131-py-27
   r-nloptr/1.0.4-py-27
   r-oo/1.21.0-py-27
   r-openssl/0.9.7-py-27
   r-pkgconfig/2.0.1-py-27
   r-plogr/0.2.0-py-27
   r-plyr/1.8.4-py-27
   r-polynom/1.4-0-py-27
   r-praise/1.0.0-py-27
   r-processx/3.2.0-py-27
   r-ps/1.1.0-py-27
   r-psych/1.7.8-py-27
   r-purrr/0.2.4-py-27
   r-r6/2.2.2-py-27
   r-raster/2.5-8-py-27
   r-rcolorbrewer/1.1-2-py-27
   r-rcpp/0.12.16-py-27
   r-rcppeigen/0.3.3.3.1-py-27
   r-rcurl/1.95-4.8-py-27
   r-readr/1.3.1-py-27
   r-readxl/1.1.0-py-27
   r-rematch/1.0.1-py-27
   r-reprex/0.1.1-py-27
   r-reshape2/1.4.2-py-27
   r-rex/1.1.2-py-27
   r-rgdal/1.2-16-py-27
   r-rgeos/0.3-26-py-27
   r-rlang/0.2.2-py-27
   r-rlang/0.4.1-py-27                        (D)
   r-rmarkdown/1.7-py-27
   r-rprojroot/1.2-py-27
   r-rstudioapi/0.7-py-27
   r-rvest/0.3.2-py-27
   r-scales/0.5.0-py-27
   r-segmented/0.5-2.2-py-27
   r-selectr/0.3-1-py-27
   r-sf/0.5-5-py-27
   r-sf/0.6-3-py-27                           (D)
   r-shiny/1.0.5-py-27
   r-sourcetools/0.1.6-py-27
   r-sp/1.2-3-py-27
   r-stringi/1.1.5-py-27
   r-stringr/1.2.0-py-27
   r-survival/2.41-3-py-27
   r-testit/0.7-py-27
   r-testthat/1.0.2-py-27
   r-tibble/1.3.4-py-27
   r-tidyr/0.7.2-py-27
   r-tidyselect/0.2.3-py-27
   r-tidyverse/1.2.1-py-27
   r-udunits2/0.13-py-27
   r-units/0.4-6-py-27
   r-units/0.6-5-py-27                        (D)
   r-utils/2.5.0-py-27
   r-viridislite/0.2.0-py-27
   r-viridislite/0.3.0-py-27                  (D)
   r-whisker/0.3-2-py-27
   r-withr/1.0.2-py-27
   r-xml/3.98-1.9-py-27
   r-xml2/1.1.1-py-27
   r-xtable/1.8-2-py-27
   r-yaml/2.1.14-py-27
   r/3.5.1-py-27
   r/3.6.1-py-27                              (D)
   readline/7.0
   readline/8.0                               (D)
   recordproto/1.14.2
   renderproto/0.11.1
   samtools/1.9
   scons/3.0.1-py-27
   serf/1.3.9-py-27
   singularity/2.6.0
   slurm/17-11-8-1
   sparsehash/2.0.3
   sqlite/3.23.1
   sqlite/3.30.1                              (D)
   sra-toolkit/2.9.2
   subversion/1.9.7-py-27
   swig/3.0.12
   tar/1.32
   tcl/8.6.8
   tcsh/6.18.01
   tk/8.6.8
   udunits2/2.2.24
   xcb-proto/1.13
   xclip/0.13
   xerces-c/3.2.2
   xextproto/7.3.0
   xproto/7.0.31
   xtrans/1.3.5
   xz/5.2.4
   zlib/1.1.2
   zlib/1.2.11                                (D)

----- /mnt/apps/aristotle/site/share/spack/lmod/linux-centos7-x86_64/Core ------
   gcc/5.5.0    gcc/7.3.0          intel/19.0.5
   gcc/6.4.0    gcc/8.2.0 (L,D)    pgi/19.7

------------------------ /mnt/apps/prebuilt/modulefiles ------------------------
   ASReml/4.1.0                             STAR-CD/4.30.029
   AnsysEM/2019R1                           STEMSim/R643
   CASA/5.6.0-60                            STEMsalabim/5.0.0
   CONVERGE-IntelMPI/3.0.8                  WPS/4.1-intel
   CONVERGE-IntelMPI/cvg/3.0.8              WPS/4.1.2-intel     (D)
   CONVERGE-IntelMPI/mpi/3.0.8              WRF/4.1.2-intel-avx
   CONVERGE-IntelMPI/udf/3.0.8              WRF/4.1.2-intel     (D)
   CONVERGE-IntelMPI/utilities/3.0.8        admixture/1.3.0
   CONVERGE-OMPI/3.0.8                      amber/18
   CONVERGE-OMPI/cvg/3.0.8                  ansa/v19.1.1
   CONVERGE-OMPI/mpi/3.0.8                  ansa/v19.1.2        (D)
   CONVERGE-OMPI/udf/3.0.8                  ansys/2019R1
   CONVERGE-OMPI/utilities/3.0.8            ansys/2019R3        (D)
   CONVERGE/2.4.23                          examl/3.0.21
   CONVERGE/3.0.5                    (D)    idl/8.4
   Chaste/2017.1                            iqtree/1.6.11
   Ferret/7.5.0                             modeltest/0.1.5
   GAMS/27.3.0                              multistrand/2.1.3
   GEMMA/0.98.1                             raxml-ng/0.9.0
   MESA/r1039                               sambada/0.8.1
   NUPACK/3.2.2                             thermo_pw/1.1.1
   PartitionFinder/2.1.1                    vmd/1.9.4
   PatternCNV/1.0                           ximmer/9d165ea
   STAR-CCM/13.04.011

-------------------- /usr/share/lmod/lmod/modulefiles/Core ---------------------
   lmod    settarg

  Where:
   D:  Default Module
   L:  Module is loaded

Use "module spider" to find all possible modules.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching
any of the "keys".

Χρήση modulefiles

Αφότου συνδεθείτε στο login κόμβο μπορείτε να λάβετε μία λίστα με το διαθέσιμο λογισμικό (εργαλεία, βιβλιοθήκες, μεταγλωττιστές κ.α.) με τις εντολές:

# module load gcc
# module avail

Στο login κόμβο μπορούμε να διαμορφώσουμε κατάλληλα το περιβάλλον χρήστη ώστε να κάνουμε μία εφαρμογή διαθέσιμη, εκτελώντας την εντολή:

# module load {{ application }}

π.χ.

# module load Chaste

Έπειτα μπορούμε να καλέσουμε το εκάστοτε εκτελέσιμο (εφαρμογή).

ΠΡΟΣΟΧΗ

Η χρήση απαιτητικών προγραμμάτων στο login κόμβο θα πρέπει να αποφεύγεται. Ο login κόμβος θα πρέπει να χρησιμοποιείται για ανάπτυξη, δοκιμές, pre- και post- processing εργασίες. Οι απαιτητικές εργασίες πρέπει να δρομολογούνται και να εκτελούνται στην Ιδρυματική συστοιχία.

Η διαδικασία υποβολής εργασιών στη Ιδρυματική συστοιχία φαίνεται στην Υποβολή Εργασιών.

Μπορούμε να δούμε αναλυτικά πως διαμορφώνει/επηρεάζει η εντολή module load το περιβάλλον χρήσης αλλά και μία σύντομη περιγραφή της εφαρμογής εκτελώντας την εξής εντολή:

# module show {{ application }}