Περιγραφή

Apptainer (formerly Singularity) simplifies the creation and execution of containers, ensuring software components are encapsulated for portability and reproducibility.

• HOME
• User Guide
• Quick Start

Apptainer 1.1.9

Παράδειγμα χρήσης

Μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το command line interface του Apptainer για την λήψη OCI images, για παράδειγμα ως εξής:

# module load gcc/13.2.0-iqpfkya apptainer/1.1.9
# apptainer pull docker://python:3.9

To container image αποθηκεύεται με τη μορφή <image_name>_<version>.sif και στην συνέχεια μπορούμε να το εκτελεσουμε, για παράδειγμα με την εντολή:

# apptainer run python_3.9.sif

Μπορούμε να εκκινήσουμε container images σε batch εργασίες, δημιουργώντας ένα αρχείο υποβολής εργασίας, όπως για παράδειγμα το apptainer_example.sh:

Submission Script

#!/bin/bash
#SBATCH -t 15:00          
#SBATCH -J apptainer-1.1.9-job
#SBATCH -p batch

module load gcc/13.2.0-iqpfkya apptainer/1.1.9

apptainer run docker://python:3.9 python --version

Υποβάλλουμε το παραπάνω script προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch apptainer_example.sh

Παρακολουθούμε την πορεία της εργασίας με την εντολή squeue.

Το αναμενόμενο αποτέλεσμα παράγεται στο αρχείο slurm-<jobid>.out ή σε άλλα αρχεία εξόδου που δημιουργούνται από το container.