Περιγραφή¶

BEAST is a cross-platform program for Bayesian analysis of molecular sequences using MCMC.

BEAST v1.10.4¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=BEAST-1.10.4-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=30:00

module load gcc jdk beast1/1.10.4

java -jar $BEAST1/lib/beast.jar -threads $SLURM_NTASKS testNormalModelGibbs.xml

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω beast-1.10.4-case.sh.

# mkdir beast-1.10.4-case
# cd beast-1.10.4-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε το testNormalModelGibbs.xml του beast1. Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load gcc jdk beast1
# cp $BEAST1/examples/TestXML/testNormalModelGibbs.xml .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch beast-1.10.4-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# less *.log

Στο login node μπορούμε επίσης να χρησιμοποιήσουμε τα εργαλεία του beast1 εκτελώντας τις παρακάτω εντολές, εφόσον συνδεθούμε με X11 Forwarding:

# module load gcc jdk beast1
# beast
# beauti
# $BEAST1/bin/loganalyser
# $BEAST1/bin/logcombiner
# $BEAST1/bin/treeannotator
# $BEAST1/bin/treestat

BEAST2 v2.6.0¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=BEAST2-2.6.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=1:00:00

module load gcc jdk libbeagle beast2/2.6.0

beast -threads $SLURM_NTASKS testStarBeast.xml

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω beast2-2.6.0-case.sh.

# mkdir beast2-2.6.0-case
# cd beast2-2.6.0-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε το testStarBeast.xml του beast2. Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load gcc jdk beast2
# cp $BEAST/examples/testStarBeast.xml .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch beast2-2.6.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# less *.log

Στο login node μπορούμε επίσης να χρησιμοποιήσουμε τα εργαλεία του beast1 εκτελώντας τις παρακάτω εντολές, εφόσον συνδεθούμε με X11 Forwarding:

# module load gcc jdk beast2/2.6.0
# beast
# beauti
# $BEAST/bin/loganalyser
# $BEAST/bin/logcombiner
# $BEAST/bin/treeannotator
# $BEAST/bin/treestat

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

gcc/8.2.0
jdk/11.0.2_9
libbeagle/2.1.2