BEAST¶

BEAST is a cross-platform program for Bayesian analysis of molecular sequences using MCMC.

BEAST2 v2.7.8¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω beast-2.7.8-case.sh.

# mkdir beast-2.7.8-case
# cd beast-2.7.8-case

Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

```console

module load beast2¶

cp $BEAST2_ROOT/examples/testRNA.xml .¶

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch beast-2.7.8-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

```console

tail -f *.out¶

less *.log¶

```

Σε ένα Desktop Session που μπορούμε να εκκινήσουμε από το web portal της υπολογιστικής υποδομής, μπορούμε επίσης να χρησιμοποιήσουμε τα εργαλεία του Beast2 με το γραφικό τους περιβάλλον, εκτελώντας τις παρακάτω εντολές από ένα terminal:

# module load beast2
# beast
# beauti
# applauncher
# loganalyser
# logcombiner
# treeannotator

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

gcc/15.2.0
libbeagle/4.0.1

Έχουν προστεθεί οι εξής εκδόσεις των packages:

BEAST.base v2.7.8
BEAST.app v2.7.8
SA v2.1.1
SNAPP v1.6.1
ORC v1.2.1
BEASTLabs v2.0.3
starbeast3 v1.2.1
CCD v1.0.3
snapper v1.1.5