EggNOG-mapper¶

EggNOG-mapper is a tool for fast functional annotation of novel sequences

HOME Page

EggNOG-mapper 2.1.13¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

$ mkdir EggNOG-mapper-2.1.13-case
$ cd EggNOG-mapper-2.1.13-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή της εργασίας, για παράδειγμα EggNOG-mapper-2.1.13-case.sh, θα έχει τα εξής περιεχόμενα:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=EggNOG-2.1.13-case
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=4

module load EggNOG

source /mnt/apps/custom/envs/EggNOG-mapper-gcc-9.2.0/bin/activate

python $EGGNOG_ROOT/emapper.py -i test_case.fasta -o case_out \
                           --data_dir $EGGNOG_DATA \
                   --output_dir output \
                   --cpu $SLURM_NTASKS

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

$ sbatch EggNOG-mapper-2.1.13-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, για παράδειγμα ως εξής:

$ tail -f output/*.emapper.hits

Επιπλέον όταν ολοκληρωθεί η εργασία, μπορούμε να τυπώσουμε το standard output και error με την εντολή:

$ cat slurm-*.out