Περιγραφή

Gaussian 16 is the latest version of the Gaussian series of electronic structure programs, used by chemists, chemical engineers, biochemists, physicists and other scientists worldwide. Gaussian 16 provides a wide-ranging suite of the most advanced modeling capabilities available. You can use it to investigate the real-world chemical problems that interest you, in all of their complexity, even on modest computer hardware.

Starting from the fundamental laws of quantum mechanics, Gaussian 16 predicts the energies, molecular structures, vibrational frequencies and molecular properties of compounds and reactions in a wide variety of chemical environments. Gaussian 16’s models can be applied to both stable species and compounds which are difficult or impossible to observe experimentally, whether due to their nature (e.g., toxicity, combustibility, radioactivity) or their inherent fleeting nature (e.g., short-lived intermediates and transition structures).

Αναφορά στο Gaussian

Όταν δημοσιεύεται μία επιστημονική εργασία στην οποία γίνεται χρήση του Gaussian, θα πρέπει να συμπεριλαμβάνεται η σχετική αναφορά στο λογισμικό.

Ας σημειωθεί η εγκατεστημένη έκδοση του λογισμικού στη συστοιχία είναι η Gaussian 16 - Revision C.02.

Gaussian 16 (Revision C.02)

• Documentation
• List of Gaussian Keywords

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gaussian-16-case
#SBATCH --partition=rome
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --time=10:00

module load gaussian/16_c02_avx2

# If on a single node, use the compute node's local disk as scratch
# Otherwise use some network storage such as your home directory

export GAUSS_SCRDIR="/tmp/$USER/.gaussian/$SLURM_JOBID"
# export GAUSS_SCRDIR="~/.gaussian/$SLURM_JOBID"

mkdir -p $GAUSS_SCRDIR

g16 < caffeine.gjf > caffeine.out

rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε το αρχείο εισόδου, έστω caffeine.gjf, και το script υποβολής της εργασίας, έστω g16-case.sh.

# mkdir gaussian-16-case
# cd gaussian-16-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch g16-case.sh ως εξής:

# sbatch g16-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Διασύνδεση με NBO

Το Gaussian υποστηρίζει δισύνδεση με το λογισμικό NBO. Ακολουθεί ένα παράδειγμα υποβολής εργασίας Gaussian 16 με χρήση pop=nbo7. Το script υποβολής της εργασίας g16-nbo-case.sh θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=gaussian-16-nbo-case
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128   
#SBATCH --time=10:00  

module load gaussian
module load NBO/7.0

export NBOEXE=$NBO_ROOT/bin/nbo7.i8.exe

# If on a single node, use the compute node's local disk as scratch
# Otherwise use some network storage such as your home directory

export GAUSS_SCRDIR="/tmp/$USER/.gaussian/$SLURM_JOBID"
# export GAUSS_SCRDIR="~/.gaussian/$SLURM_JOBID"
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR


g16 < caffeine-nbo.gjf > caffeine-nbo.out

# Cleanup temporary files from node
rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Ως αρχείο εισόδου χρησιμοποιείται το caffeine-nbo.gjf.

GaussView 6

Μπορούμε να ξεκινήσουμε το graphical interface GaussView από το terminal ως εξής:

# module load gaussian
# gv

Επιπλέον, για να χρησιμοποιήσουμε το GaussView μπορούμε να ξεκινήσουμε απομακρυσμένη επιφάνεια εργασίας στην συστοιχία από την σελίδα: https://hpc.auth.gr σύμφωνα με τις οδηγίες. Στην συνέχεια επιλέγουμε από το menu Applications -> Chemistry -> GaussView.

Εναλλακτικά, για να ανοίξουμε το GaussView ως interactive εφαρμογή στην συστοιχία, στην σελίδα: https://hpc.auth.gr, μπορούμε να επιλέξουμε από το menu: Interactive Apps -> GaussView ώστε να δούμε την φόρμα εκκίνησης της εφαρμογής. Στην φόρμα μπορούμε να εισάγουμε τον χρόνο που θα τρέξει η εφαρμογή σε ώρες και να επιλέξουμε Launch.