Περιγραφή

Toolkit for the simulation of the passage of particles through matter. Its areas of application include high energy, nuclear and accelerator physics, as well as studies in medical and space science.

Geant4 11.2.1

Home Page

Documentation

License

Παράδειγμα χρήσης

Για το παράδειγμά μας, θα πάρουμε ένα έτοιμο παράδειγμα που παρέχεται μαζί με το λογισμικό, το stim_pixe_tomography. Καταρχάς θα το αντιγράψουμε στο home directory μας:

$ module load gcc/13.2.0-iqpfkya geant4
$ cp -r $GEANT4_ROOT/share/Geant4/examples/advanced/stim_pixe_tomography ~/

Προτού ξεκινήσουμε να υποβάλλουμε εργασίες, θα πρέπει να κάνουμε το παράδειγμα εκτελέσιμο. Αυτό γίνεται με τις εξής εντολές:

$ module load gcc/13.2.0-iqpfkya geant4 cmake
$ cd ~/stim_pixe_tomography
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=geant4-11.2.1-case
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=20
#SBATCH --time=30:00

module load gcc/13.2.0-iqpfkya geant4/11.2.1

export G4FORCENUMBEROFTHREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

./stim_pixe_tomography -p pixe3d.mac

Στο φάκελο ~/stim_pixe_tomography/build θα τοποθετήσουμε το script υποβολής της εργασίας, έστω geant4-11.2.1-case.sh. Εκεί βρίσκονται και τα αρχεία εισόδου, όπου μπορούμε να τοποθετήσουμε και δικά μας.

# mkdir geant4-11.2.1-case
# cd geant4-11.2.1-case

Μεταβαίνουμε στο φάκελο ~/stim_pixe_tomography/build. Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch geant4-11.2.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out *.dat

Για να τρέξουμε το πρόγραμμα γραφικά, μπορούμε να ανοίξουμε ένα Aristotle Desktop session και να χρησιμοποιήσουμε το λογισμικό διαδραστικά, δίνοντας σε ένα Terminal

$ ./stim_pixe_tomography.

Για μικρές δοκιμές και αποσφαλμάτωση, υπάρχει επίσης η δυνατότητα με την παραπάνω εντολή να χρησιμοποιήσουμε το λογισμικό διαδραστικά σε login node.

ΠΡΟΣΟΧΗ

Η εκτέλεση επιστημονικών εφαρμογών σε login node δεν συστήνεται παρά μόνο για μικρές δοκιμές, προκειμένου να εκμεταλλευτούμε τη δυνατότητα διάδρασης για να ελέγξουμε κάποιον αλγόριθμο. Στην περίπτωση αυτή, οι εφαρμογές θα πρέπει να εκτελούνται με κατά το δυνατόν μικρές εισόδους και να μην απασχολούν πολλούς πόρους. Τα login nodes δεν μπορούν σε καμία περίπτωση να υποκαταστήσουν τα compute nodes, και δεν πρέπει να γίνεται κατάχρηση. Προκειμένου να διασφαλιστεί η απρόσκοπτη χρήση της συστοιχίας από όλους τους χρήστες, μπορεί να καταστεί απαραίτητη η εκ της διαχείρισης διακοπή τέτοιων εργασιών.

Για να δούμε τα γραφικά στοιχεία που έχουν παραχθεί (πχ εικόνες png) μπορούμε από το Aristotle Desktop να χρησιμοποιήσουμε ένα κατάλληλο πρόγραμμα, όπως το okular.