Περιγραφή¶

GROMACS (the GROningen MAchine for Chemical Simulations) is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

Home Page

GROMACS 2020.4¶

Συνδεόμαστε στον aristotle.it.auth.gr μέσω ssh και δημιουργούμε ένα νέο φάκελο:

# mkdir GROMACS-2020.4-case
# cd GROMACS-2020.4-case

Για το παράδειγμα αυτό, τοποθετούμε μέσα στον φάκελο ένα αρχείο εισόδου (π.χ. GROMACS benchmark input file) και κάνουμε unzip:

# wget https://www.mpinat.mpg.de/benchMEM -O benchMEM.zip
# unzip benchMEM.zip

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=gromacs-2020.4-case
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=20
#SBATCH --cpus-per-task=1

module load gcc/9.2.0 mvapich2/2.3.1 gromacs/2020.4

mpiexec gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -s benchMEM.tpr

Με τον τρόπο αυτό η εργασία θα τρέξει σε 1 compute node με 20 CPUs/node.

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω GROMACS-2020.4-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch GROMACS-2020.4-case.sh

Παρακολουθούμε την εξέλιξη της εργασίας με την εντολή:

# squeue

Εφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, π.χ.:

# tail -f md.log

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:

gcc/9.2.0
mvapich2/2.3.1
fftw/3.3.8

GROMACS 2022¶

Για να φορτώσουμε στο περιβάλλον μας την GROMACS 2022 μπορούμε να εκτελέσουμε:

module load gcc/9.4.0-eewq4j6 openmpi/4.1.2-akxtzzl gromacs/2022-47qrtrj

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:

gcc/9.4.0
cuda/11.6.1
openmpi/4.1.2
fftw/3.3.10

GROMACS 2019.2¶

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:

gcc/9.2.0
openmpi/3.1.4
fftw/3.3.8