Περιγραφή

Efficient software for phylogenomic inference.

HOME Page

IQTREE 1.6.11

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=iqtree-1.6.11-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8

module load iqtree/1.6.11

iqtree -s example.phy -nt $SLURM_NTASKS

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω iqtree-1.6.11-case.sh.

# mkdir iqtree-1.6.11-case
# cd iqtree-1.6.11-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα της εφαρμογής (example.phy). Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load iqtree/1.6.11
# cp $IQ_TREE/example.phy .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch iqtree-1.6.11-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# cat example.phy.iqtree
# less example.phy.log
# tail -f *out

Για να δούμε παραδείγματα και τα διαθέσιμα options του IQ-TREE μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module iqtree στο Login Node και να τρέξουμε τις εξής εντολές:

# iqtree
# iqtree --help