Περιγραφή

The Natural Bond Orbital (NBO) program NBO 7.0 is a discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions. NBO 7.0 is the current version of the broad suite of 'natural' algorithms for optimally expressing numerical solutions of Schrödinger's wave equation in the chemically intuitive language of Lewis-like bonding patterns and associated resonance-type 'donor-acceptor' interactions.

HOME Page

NBO 7.0

Σημείωση

Η προμήθεια του λογισμικού χρηματοδοτήθηκε από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ) και από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ), από το Έργο με αρ. Σύμβασης Έργου 1536 του οποίου Επιστημονικός Υπεύθυνος είναι ο επ. καθ. Εμμανουήλ Κουκάρας.

The software was procured by funding from the Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI) and the General Secretariat for Research and Innovation (GSRI), through the Research Project with grant agreement No 1536 with Principle Investigator Assist. Prof. Emmanuel Koukaras.

Παράδειγμα χρήσης

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir NBO-7.0-case
# cd NBO-7.0-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα της εφαρμογής. Για το σκοπό αυτό διαμορφώνουμε κατάλληλα το περιβάλλον χρήσης και αντιγράφουμε τα απαραίτητα αρχεία εισόδου από τον φάκελο tests/gennbo μέσα στο φάκελο που δημιουργήσαμε:

# module load NBO/7.0
# cp $NBO_ROOT/tests/gennbo/a.3.* .

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH -J NBO-7.0-case
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=10:00:00

module load NBO/7.0

# Remove any old nbo output file
rm a.3.nbo

cp $NBO_ROOT/tests/gennbo/a.3.* .
# Bring in the example input files from the NBO installation

# 'Stack' is memory assigned to a specific thread for storing local
# variables. Because each thread in parallel NRT is essentially
# performing an independent NBO search, the thread requires access to
# its own local NBO arrays and data structures, which are extensive.
ulimit -s unlimited

# By default, the gennbo and gennbo.sh scripts for GenNBO calculations
# set the stacksize to 256MB, which should be sufficient for every calculation.
# NRT analysis will fail, likely with no warning message, if there is
# insufficient stack memory assigned to the threads to complete the calculation.
# To set a higher value for the stacksize, use OMP_STACKSIZE environment variable
# export OMP_STACKSIZE=512M

# The gennbo (tcsh) and gennbo.sh (bash) scripts for standalone GenNBO
# calculations allow the user to specify the number of threads as the
# second input argument. 

gennbo.sh a.3 $SLURM_NTASKS

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω NBO-7.0-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch NBO-7.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Μπορούμε να πάρουμε τα αποτελέσματα της επίλυσης από τo αρχείo εξόδου *.nbo.

# cat *.nbo

Για να δούμε τα διαθέσιμα options του NBO, μπορούμε να τρέξουμε στο User Interface την παρακάτω εντολή, εφόσον έχουμε ενεργοποιήσει τo module NBO:

# gennbo

Εάν επιλέξουμε να τρέξουμε NRT analysis σε parallel mode προτείνεται να δούμε τις οδηγίες στο αρχείο $NBO_ROOT/PARALLEL.NRT. Επιπλέον, το NBO7 manual είναι διαθέσιμο σε μορφή pdf στο directory $NBO_ROOT/man.

Διασύνδεση με άλλα προγράμματα

Το NBO είναι δυνατόν να χρησιμοποιηθεί με ορισμένα affilated programs. Για τον σκοπό αυτό, κατά περίπτωση θα χρειαστεί να ακολουθήσουμε τις οδηγίες που είναι διαθέσιμες στο αντίστοιχο αρχείο στο directory $NBO_ROOT/install.

ORCA

Για παράδειγμα, για την διασύνδεση με το ORCA, όπως αναφέρεται στο αρχείο $NBO_ROOT/install/INSTALL.orca4, θα χρειαστεί να ορίσουμε στο script υποβολής την μεταβλητή περιβάλλοντος NBOEXE όπως φαίνεται παρακάτω:

# export NBOEXE=$ΝΒΟ_ROOT/bin/nbo7.i4.exe

Gaussian

Το εκτελέσιμο g16nbo.i8.exe είναι ένα interface για την διασύνδεση του NBO με το Gaussian. Επιπλέον πληροφορίες για την διασύνδεση του NBO με το Gaussian είναι διαθέσιμες στο αρχείο $NBO_ROOT/install/INSTALL.g16c01.

Ρύθμιση ΝΒΟΜΕΜ

Μπορούμε να αλλάξουμε τη ρύθμιση NBOMEM προσθέτοντας μία εντολή αντίστοιχη με το παρακάτω στο submission script μας

export NBOMEM=60GB