Περιγραφή¶

PartitionFinder 2 is a Python program for simultaneously choosing partitioning schemes and models of molecular evolution for phylogenetic analyses of DNA, protein, and morphological data.

PartitionFinder 2.1.1¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=PartitionFinder-2.1.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=1:00:00


module load PartitionFinder/2.1.1

python $PF2/PartitionFinder.py -p $SLURM_NTASKS nucleotide

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω PartitionFinder-2.1.1-case.sh.

# mkdir PartitionFinder-2.1.1-case
# cd PartitionFinder-2.1.1-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε το nucleotide example του PartitionFinder. Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load PartitionFinder/2.1.1
# cp -r $PF2/examples/nucleotide .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch PartitionFinder-2.1.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# tail -f nucleotide/log.txt

Εφόσον η εργασία ολοκληρωθεί επιτυχώς τα αποτελέσματα είναι διαθέσιμα στον φάκελο nucleotide/analysis.

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

gcc/8.2.0
openmpi/3.1.3

Επιπλέον βιβλιοθήκες της python/2.7.15 που εγκαταστάθηκαν/χρησιμοποιήθηκαν ως dependencies είναι οι εξής:

numpy/1.15.2
pandas/0.23.4
pytables/3.3.0
pyparsing/2.2.0
sklearn/0.20.0
scipy/1.1.0