Περιγραφή

PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner.

PLINK 1.9

PLINK User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας.

# mkdir PLINK-1.9-case
# cd PLINK-1.9-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=PLINK-1.9-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load plink/v1.9

plink --noweb --ped file1.ped --map file1.map --maf 0.05 --assoc

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω PLINK-1.9-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch PLINK-1.9-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out