ProDiMo¶
ProDiMo (PROtoplanetary DIsk MOdel) is a scientific software package in FORTRAN 90 to model protoplanetary disks including gas phase, X-ray and UV-photo-chemistry, ice formation, gas heating and cooling balance, disk structure and (dust & line) radiative transfer.
ProDiMo v. 2.0.0¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ProDiMo-2.0.0-case
#SBATCH --partition=rome
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS
export OMP_STACKSIZE=4G
ulimit -s unlimited
module load ProDiMo
prodimo
Προσέξτε ότι ο αριθμός των node θα πρέπει πάντα να ισούται με 1.
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου. Για το παράδειγμά μας, θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα που περιέχονται στο πακέτο του λογισμικού, αντιγράφοντας τα αρχεία εισόδου ως εξής:
cp /mnt/apps/custom/ProDiMo/examples/StandardObjects/TTauri/* .
Στον ίδιο φάκελο θα τοποθετήσουμε και το script υποβολής της εργασίας, έστω ProDiMo-2.0.0-case.sh.
# mkdir ProDiMo-2.0.0-case
# cd ProDiMo-2.0.0-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch ProDiMo-2.0.0-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out