Περιγραφή¶
Randomized Axelerated Maximum Likelihood
RAxML 8.2.11¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Το script υποβολής της εργασίας, έστω RAxML-8.2.11-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=RAxML-8.2.11-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
module load raxml/8.2.11
raxmlHPC -m BINGAMMA -p 12345 -s binary.phy -n T1
Για το συγκεκριμένο παράδειγμα, χρησιμοποιούμε το αρχείο binary.phy και ακολουθούμε τις οδηγίες που περιγράφονται στο hands-on του RAxML.
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.
# mkdir RAxML-8.2.11-case
# cd RAxML-8.2.11-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch RAxML-8.2.11-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
Πληροφορίες εγκατάστασης¶
Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:
gcc/8.2.0openmpi/3.1.4