Περιγραφή

An integrated software for landscape genomic analysis of large datasets. The key features are the study of local adaptation in relationship with environment and the measure of spatial autocorrelation in environmental and molecular datasets.

sambada v0.8.1

• HOME Page
• Documentation

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=sambada-0.8.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=1:00:00

module load sambada/0.8.1

sambada param-cattle.txt cattle-env.csv cattle-mark.txt

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε ως input τα αρχεία του παραδείγματος subset cattle SNP

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω sambada-0.8.1-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:

# module load sambada
# cp -r  $SAMBADA_EXAMPLES/subset-cattle-SNP .
# cd subset-cattle-SNP 

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch sambada-0.8.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# less less cattle-mark-log.txt

Εφόσον η εργασία ολοκληρωθεί επιτυχώς θα παραχθούν τα αρχεία cattle-mark-Out-0.txt και cattle-mark-Out-1.txt.