Περιγραφή

SPAdes is a versatile toolkit designed for assembly and analysis of sequencing data. SPAdes is primarily developed for Illumina sequencing data, but can be used for IonTorrent as well. Most of SPAdes pipelines support hybrid mode, i.e. allow using long reads (PacBio and Oxford Nanopore) as a supplementary data.

SPAdes package contains assembly pipelines for isolated and single-cell bacterial, as well as metagenomic and transcriptomic data. Additional modes allow to discover bacterial plasmids and RNA viruses, as well as perform HMM-guided assembly. Besides, SPAdes package includes supplementary tools for efficient k-mer counting and k-mer-based read filtering, assembly graph construction and simplification, sequence-to-graph alignment and metagenomic binning refinement.

SPAdes 4.0.0

Home Documentation Publication

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=spades-4.0.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00

module load spades/4.0.0

# run standard tests (replace '--test' with your input files)

spades.py --test --sc
spades.py --test --careful
spades.py --test --iontorrent
rnaspades.py --test
plasmidspades.py --test
metaspades.py --test
rnaspades.py --test --ss-rf
rnaspades.py --test --iontorrent
coronaspades.py  --test
metaplasmidspades.py  --test
metaviralspades.py  --test
plasmidspades.py  --test
rnaviralspades.py  --test

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω spades-4.0.0-case.sh.

# mkdir spades-4.0.0-case
# cd spades-4.0.0-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch spades-4.0.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out