Stacks

Software pipeline for building loci from short-read sequences. Stacks 2.68 is available on the Aristotelis cluster. HOME Page

Παράδειγμα χρήσης

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=stacks-2.53-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8

module load stacks/2.68

ustacks -f file_path -p $SLURM_NTASKS

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir stacks-2.53-case
# cd stacks-2.53-case

# sbatch stacks-2.53-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Για να δούμε τα διαθέσιμα options του Stacks μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module stacks στο Login Node και να τρέξουμε τις εξής εντολές:

# ustacks
# ustacks --help