Stacks¶
Software pipeline for building loci from short-read sequences. Stacks 2.53 is available on the Aristotelis cluster with support for two GCC versions: 10 and 14.
Παράδειγμα χρήσης¶
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=stacks-2.53-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
module load gcc/<version> stacks/2.53
ustacks -f file_path -p $SLURM_NTASKS
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.
# mkdir stacks-2.53-case
# cd stacks-2.53-case
# sbatch stacks-2.53-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Για να δούμε τα διαθέσιμα options του Stacks μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module stacks στο Login Node και να τρέξουμε τις εξής εντολές:
# ustacks
# ustacks --help