Stacks¶
Software pipeline for building loci from short-read sequences. Stacks 2.53 is available on the Aristotelis cluster with support for two GCC versions: 10 and 14.
Παράδειγμα χρήσης¶
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=stacks-2.53-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
module load gcc/<version> stacks/2.53
ustacks -f file_path -p $SLURM_NTASKS
Στο $HOME
μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.
# mkdir stacks-2.53-case
# cd stacks-2.53-case
# sbatch stacks-2.53-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue
την εξέλιξη της εργασίας.
Για να δούμε τα διαθέσιμα options του Stacks
μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module stacks
στο Login Node και να τρέξουμε τις εξής εντολές:
# ustacks
# ustacks --help