Περιγραφή¶
Trim Galore is a wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data.
TrimGalore 0.6.10¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Για το παράδειγμά μας μπορείτε να χρησιμοποιήσετε κάποιο δοκιμαστικό αρχείο, όπως πχ αυτό που παρέχεται για το λογισμικό FastQ Screen (διαθέσιμο εδώ: fastq_screen_test_dataset.tar.gz). Ας πούμε ότι το αρχείο εισόδου ονομάζεται dataset.tar.gz. Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=TrimGalore-0.6.10-case.sh
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --time=02:00
module load gcc/13.2.0-iqpfkya trimgalore/0.6.10
# Suggested because the system version of pigz is a little old:
module load pigz
# You might also want to load the python module if it is newer than system python
trim_galore -j $SLURM_NTASKS dataset.fastq.gz
Note
Το TrimGalore χρησιμοποιεί μόνο 1 node. Επιπλέον, προτείνουμε να μην χρησιμοποιήσετε πάνω από 4 thread, καθώς η διαφορά στην απόδοση γίνεται πολύ μικρή για περισσότερα thread.
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω TrimGalore-0.6.10-case.sh.
# mkdir TrimGalore-0.6.10-case
# cd TrimGalore-0.6.10-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch TrimGalore-0.6.10-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out