Περιγραφή

Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read sequencing technologies.

VELVET 1.2.10

Home

Manual

FAQ

Optimiser README

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=velvet-1.2.10-case
#SBATCH --partition=rome
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --mem=100gb

module load gcc/13.2.0-iqpfkya velvet/1.2.10
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_NTASKS_PER_NODE

velveth output_directory/ 51 -fasta -short input_reads.fasta -fasta -shortPaired2 -separate input_reads_pair_1.fasta input_reads_pair_2.fasta
velvetg output_directory/ -min_contig_lgth 200

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου (έστω input_reads.fasta, input_reads_pair_1.fasta, input_reads_pair_2.fasta) και το script υποβολής της εργασίας, έστω velvet-1.2.10-case.sh.

# mkdir velvet-1.2.10-case
# cd velvet-1.2.10-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch velvet-1.2.10-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out