Περιγραφή¶
Ximmer is a tool designed to help users of exome and targeted genomic sequencing data accurately detect and interpret copy number variants (CNVs).
ximmer¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε τα example data που δίνονται από την εφαρμογή.
Το script υποβολής της εργασίας, έστω ximmer-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ximmer-job
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=3:00:00
module load gcc/8.2.0 ximmer
wget https://storage.googleapis.com/ximmer-example-data/ximmer-example-data.zip
unzip *.zip
ximmer -c example.groovy -v -o example
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου, όπως το example.groovy και το script υποβολής της εργασίας.
# mkdir ximmer-case
# cd ximmer-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch ximmer-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f ximmer.log
Πληροφορίες εγκατάστασης¶
Η εφαρμογή έγινε clone απο το ximmer github repository με latest commit 9d165ea (Dec 26, 2018).
Για την εγκατάσταση έχει χρησιμοποιηθεί ο μεταγλωττιστής gcc/8.2.0
Επιπλέον βιβλιοθήκες που χρησιμοποιήθηκαν είναι οι εξής:
jdk/11.0.2_9zlib/1.2.11netlib-lapack/3.8.0miniconda3/4.5.11r/3.5.1openssl/1.0.2o