Περιγραφή¶

pySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipeline (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) which enables biologists to infer transcription factors, gene regulatory networks and cell types from single-cell RNA-seq data.

HOME Page

pySCENIC 0.12.1¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

$ mkdir pySCENIC-0.12.1-case
$ cd pySCENIC-0.12.1-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας. Εφόσον δεν μας καλύπτει το command-line interface, εδώ θα πρέπει να μπουν και τα σχετικά python script.

Για το παράδειγμα αυτό δεν θα χρησιμοποιήσουμε κάποιο αρχείο εισόδου, καθώς πρόκειται για την απλούστερη δυνατή υλοποίηση ώστε να ελεγχθεί ότι το pySCENIC λειτουργεί τόσο ως αυτόνομο script όσο και ως python package. Ο ενδεικτικός κώδικας python βρίσκεται στο αρχείο pySCENIC_code.py.

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή της εργασίας, για παράδειγμα pySCENIC-0.12.1-case.sh, θα έχει τα εξής περιεχόμενα:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=pySCENIC-0.12.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=05:00

# conda commands
module load gcc/10.2.0 miniconda3
source $CONDA_PROFILE/conda.sh
conda activate /mnt/apps/prebuilt/pySCENIC/env
export PATH=$CONDA_PREFIX/bin:$PATH

# CLI use (standalone): Run pySCENIC commands from Terminal
pyscenic -h
# pyscenic grn <expression_mtx_fname> <tfs_fname> -ο <OUTPUT> --num_workers $PBS_NTASKS
# etc etc ...

# Use as python library: See example script run below
python pySCENIC_code.py

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

$ sbatch pySCENIC-0.12.1-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, για παράδειγμα ως εξής:

$ less output_single.truncated.gz

Επιπλέον όταν ολοκληρωθεί η εργασία, μπορούμε να τυπώσουμε το standard output και error με την εντολή:

$ cat slurm-*.out

Εγκατάσταση του pySCENIC σε conda environment¶

Για να εγκαταστήσουμε το pySCENIC σε enviroment στο $HOME directory μας, ενδεχομένως μαζί με άλλα εργαλεία, μπορούμε από το $HOME να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

$ module load gcc/10.2.0 miniconda3
$ source $CONDA_PROFILE/conda.sh
$ conda create -p pySCENIC-env python=3.10
$ conda activate ~/pySCENIC-env
$ export PATH=$CONDA_PREFIX/bin:$PATH
$ pip install /mnt/apps/prebuilt/pySCENIC/pySCENIC/