Περιγραφή¶

BIOVIA provides a scientific collaborative environment for advanced biological, chemical and materials experiences.

Διαθεσιμότητα και άδεια χρήσης εφαρμογής BIOVIA

Η εφαρμογή BIOVIA (25.1) είναι διαθέσιμη για τα μέλη του group biovia_auth. Υπάρχει διαθέσιμη μία άδεια για το λογισμικό Materials Studio Visualizer για όλα τα μέλη του ΑΠΘ. Σε περίπτωση που σας ενδιαφέρει να χρησιμοποιήσετε το λογισμικό, παρακαλούμε επικοινωνήστε μαζί μας

BIOVIA 25.1¶

Materials Studio Visualizer¶

Το λογισμικό Materials Studio Visualizer είναι διαθέσιμο μόνο για Windows. Το εγκαθιστούμε στον υπολογιστή μας και υποβάλουμε εργασίες στην υπολογιστική συστοιχία. Οδηγίες εγκατάστασης μπορείτε να δείτε στο directory $BIOVIA/docs:

Setup Biovia Materials Studio Visualizer

# xpdf /mnt/apps/prebuilt/BIOVIA/docs/Biovia_MaterialsStudio.pdf

Material Script σε Standalone Mode¶

Για την υποβολή ενός job script στην υπολογιστική συστοιχία, το Materials Studio Interface εκτελεί τα προπαρασκευαστικά tasks. Αναλυτικές οδηγίες υπάρχουν διαθέσιμες στο directory $BIOVIA/docs:

Scripting in Materials Studio

# xpdf /mnt/apps/prebuilt/BIOVIA/docs/materialsscriptuser.pdf

Αφού έχουμε δημιουργήσει τα απαραίτητα scripts και input files, μπορούμε να τρέξουμε το Materials Studio σε standalone mode.

Running scripts in standalone mode

# module load BIOVIA/25.1
# # Display help text
# $BIOVIA/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh -h
# # Submit the job to the required queue (batch or rome)
# $BIOVIA/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh -np 20 -q batch [-project] <scriptname> -- [ scriptarguments ... ]

Solvers σε Standalone Mode¶

Μπορούν να εκτελούνται 10 concurrent jobs για κάθε solver με βάση την διαθέσιμη άδεια.

Ένα παράδειγμα για την υποβολή μίας εργασίας CASTEP περιγράφεται παρακάτω:

Submit CASTEP Fe example

# module load BIOVIA/25.1
# cp -R $BIOVIA_EXAMPLES/Projects/CASTEP/Fe_phonons_Files/Documents/Fe_CASTEP_GeomOpt Fe_CASTEP
# cd Fe_CASTEP
# # Display help text
# $CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -h
# # Submit the example job to the required queue (batch or rome)
# $CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 40 -nt 1 -q rome Fe.param

Αντίστοιχα για τον solver DMol3 μπορεί να χρησιμοποιηθεί το script RunDMol3.sh.

DMol3 standalone script help

# $DMOL3/bin/RunDMol3.sh -h

Επιπλέον solvers μπορούν να αναζητηθούν στο directory $BIOVIA/etc, ενώ τα παραδείγματα είναι διαθέσιμα στο directory $BIOVIA_EXAMPLES.