Περιγραφή

Cloudy is a spectral synthesis code designed to simulate conditions in interstellar matter under a broad range of conditions. It is provided for general use under an open-source License.

Cloudy is Nature Astronomy’s first Code of Honour!

Cloudy C23.01

• Cloudy Code Repository
• Cloudy Wiki

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.

# mkdir Cloudy-C23.01-case
# cd Cloudy-C23.01-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας σειριακής εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Cloudy-C23.01-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=10:00

module load cloudy/c23.01
time cloudy -e test

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω Cloudy-C23.01-serial-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch Cloudy-C23.01-serial-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Εναλλακτικά, μπορούμε να δημιουργήσουμε ένα input script για το Cloudy σύμφωνα με τις οδηγίες στο wiki του Cloudy, για παράδειγμα cloudy_file.in.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Παράλληλη εκτέλεση εργασιών

Πολλαπλές εντολές Cloudy μπορούν να τρέξουν με embarrassingly parallel τρόπο, τοποθετώντας κάθε μοντέλο σε ένα process (rank). Όσον αφορά την παράλληλη εκτέλεση του Cloudy, πιο αναλυτικές πληροφορίες υπάρχουν διαθέσιμες στο Cloudy wiki.

Για την παράλληλη εκτέλεση του Cloudy μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε το παρακάτω script υποβολής (έστω Cloudy-C23.01-case.sh)

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Cloudy-C23.01-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --time=10:00

export UCX_WARN_UNUSED_ENV_VARS=n

module load cloudy/c23.01

time srun cloudy_parallel -r cloudy_file