Quast

QUAST stands for QUality ASsessment Tool. The tool evaluates genome assemblies by computing various metrics.

Quast 5.2.0

• Homepage
• Quast Documentation
• Quick Start Guide

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας. Στο παράδειγμα αυτό θα χρησιμοποιήσουμε τα test data του quast.

$ mkdir quast-5.2.0-case
$ cd quast-5.2.0-case

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

Quast submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=qua-5.2.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=10:00

module load gcc/13.2.0-iqpfkya openmpi/5.0.3-rhzbeym py-quast/5.2.0
cp -r $PY_QUAST_ROOT/test_data/ ./test_data

quast.py --test --threads $SLURM_NTASKS --gene-finding

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω quast-5.2.0-case.sh) και το υποβάλλουμε προς ετέλεση με την εντολή sbatch ως εξής:

Job submission

$ sbatch quast-5.2.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Εφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

Tail output

$ tail -f *.out