CP2K (GPU)

CP2K is a quantum chemistry and solid state physics software package that can perform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems.

Legacy εφαρμογή

Η GPU enabled εκδοχή CP2K 7.1 δεν έχει αναβαθμιστεί και ενδέχεται να μην εκτελείται σωστά. Για χρήση σε CPU προτείνεται η νεότερη έκδοση CP2K 2024.1.

CP2K 7.1 (GPU enabled variant)

• Homepage
• Documentation

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

# mkdir CP2K+CUDA-7.1-case
# cd CP2K+CUDA-7.1-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε:

• το αρχείο εισόδου H2O-64.inp και
• το script υποβολής της εργασίας CP2K+CUDA-7.1-case.sh.

Το script υποβολής της εργασίας έχει τα εξής περιεχόμενα:

CP2K SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cp2k+cuda
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gpus=1

module load gcc/8.2.0
module load openmpi/3.1.6
module load libxc/4.3.2
module load libint/2.6.0
module load libxsmm/1.16.1
module load fftw/3.3.8
module load netlib-scalapack/2.1.0
module load cuda/10.1.243
module load zlib/1.2.11
module load gsl/2.5
module load openblas/0.3.10
module load plumed/2.5.4
module load cp2k/7.1

srun cp2k.popt H2O-64.inp

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch ως εξής:

# sbatch CP2K+CUDA-7.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f slurm-*.out

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση της GPU εκδοχής εχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές:

• gcc/8.2.0
• openmpi/3.1.6

Επιπλέον βιβλιοθήκες που χρησιμοποιήθηκαν είναι οι εξής:

• cuda/10.1.243
• libint/2.6.0
• libxsmm/1.16.1
• libxc/4.3.2
• fftw/3.3.8
• plumed/2.5.4
• netlib-scalapack/2.1.0
• openblas/0.3.10
• gsl/2.5

Τα παραγόμενα εκτελέσιμα έχουν βελτιστοποιηθεί για εκτέλεση σε κάρτες GPU με CUDA Compute Capability 6.0 (σειρά Pascal P100).