Περιγραφή

GEMMA is the software implementing the Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm for a standard linear mixed model and some of its close relatives for genome-wide association studies (GWAS).

GEMMA 0.98.1

GEMMA User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir GEMMA-0.98.1-case
# cd GEMMA-0.98.1-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=GEMMA-0.98.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load GEMMA/0.98.1

gemma -bfile [prefix] -gk [num] -o [prefix]

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω GEMMA-0.98.1-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch GEMMA-0.98.1-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out