Περιγραφή

Q-Chem is an ab initio quantum chemistry software package for fast and accurate simulations of molecular systems, including electronic and molecular structure, reactivities, properties, and structure.

BrianQC is a GPU module for Q-Chem

Προσοχή

Τα λογισμικά Q-Chem και BrianQC είναι προσβάσιμα μόνο από χρήστες που ανήκουν στο group qchem.

Q-Chem 6.1

• Documentation
• BrianQC User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Q-Chem-6.1-case
#SBATCH --partition=ampere
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --time=30:00

source /mnt/apps/prebuilt/QChem/6.1/qcenv.sh
qchem -gpu $QC/test_new_install.in

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω Q-Chem-6.1-case.sh.

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch Q-Chem-6.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out