VirID¶

VirID (RNA Virus Discovery and Characterization Platform) is a pipeline for detecting and characterizing RNA viruses from metatranscriptomic sequencing data.

VirID 2.0.4¶

HOME Page

Παράδειγμα χρήσης (end_to_end)¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script (end_to_end)

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=virid-2.0.4-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=10
#SBATCH --time=24:00:00

module load VirID/2.0.4

VirID end_to_end -i 1.fastq -i2 2.fastq -out_dir out_path --threads $SLURM_NTASKS --keep_dup

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου (τα δικά μας paired-end 1.fastq/2.fastq) και το script υποβολής της εργασίας, έστω virid-2.0.4-end_to_end-case.sh.

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch virid-2.0.4-end_to_end-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Παράδειγμα χρήσης (phylogenetic_analysis)¶

Το VirID δεν διανέμει δικά του δείγματα fastq για το end_to_end παράδειγμα, όμως περιλαμβάνει ένα δείγμα fasta (ήδη assembled contigs) για το phylogenetic_analysis βήμα του pipeline, στο test/test_contig.fasta του upstream repository.

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και κατεβάζουμε το αρχείο εισόδου του παραδείγματος:

# mkdir virid-2.0.4-phylogenetic_analysis-case
# cd virid-2.0.4-phylogenetic_analysis-case
# wget https://raw.githubusercontent.com/ZiyueYang01/VirID/main/test/test_contig.fasta

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script (phylogenetic_analysis)

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=virid-2.0.4-phylogenetic_analysis-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=10
#SBATCH --time=24:00:00

module load VirID/2.0.4

VirID phylogenetic_analysis -classify_i test_contig.fasta -out_dir out_path --threads $SLURM_NTASKS --keep_dup

Τοποθετούμε το virid-2.0.4-phylogenetic_analysis-case.sh στον ίδιο φάκελο και υποβάλουμε την εργασία:

# sbatch virid-2.0.4-phylogenetic_analysis-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.