Περιγραφή

NUPACK is a growing software suite for the analysis and design of nucleic acid structures, devices, and systems.

NUPACK 3.2.2

NUPACK User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.

# mkdir NUPACK-3.2.2-case
# cd NUPACK-3.2.2-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε τα examples που παρέχει το NUPACK. Για να αντιγράψουμε τα απαραίτητα αρχεία τρέχουμε τις εντολές:

# module load NUPACK/3.2.2
# cp -r $NUPACKHOME/doc/examples .

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=NUPACK-3.2.2-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load NUPACK/3.2.2
cp -r $NUPACKHOME/doc/examples .

cd examples
./runall

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω NUPACK-3.2.2-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch NUPACK-3.2.2-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Αφού η εργασία ολοκληρωθεί, μπορούμε να ελέγξουμε τα αποτελέσματα με την εντολή:

# cd examples; ./diffall