Skip to content

Περιγραφή

Biomedical Statistics and Informatics Software Packages

PatternCNV 1.0

PatternCNV User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας.

# mkdir PatternCNV-1.0-case
# cd PatternCNV-1.0-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=PatternCNV-1.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load gcc/8.2.0 PatternCNV/1.0 r/3.5.1

$BAM2WIG/bed2wig.pl <input binned bed file> <exon bed file> <output wig file> <bin size> <coverage column>
bam2wig.sh <input bam file> <output dir> <bin size (10)> <min mapping quality (20)> <tool config.txt> <exon key>
Rscript /mnt/apps/prebuilt/PatternCNV/1.0/Rlib/patCNV.load.package.R

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω PatternCNV-1.0-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch PatternCNV-1.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out