Περιγραφή

Biomedical Statistics and Informatics Software Packages

PatternCNV 1.0

PatternCNV User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας.

# mkdir PatternCNV-1.0-case
# cd PatternCNV-1.0-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=PatternCNV-1.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load PatternCNV/1.0 r/3.5.1

$BAM2WIG/bed2wig.pl <input binned bed file> <exon bed file> <output wig file> <bin size> <coverage column>
bam2wig.sh <input bam file> <output dir> <bin size (10)> <min mapping quality (20)> <tool config.txt> <exon key>
Rscript /mnt/apps/prebuilt/PatternCNV/1.0/Rlib/patCNV.load.package.R

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω PatternCNV-1.0-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch PatternCNV-1.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out