Skip to content

Περιγραφή

The Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) is a computer program for atomic scale materials modelling, e.g. electronic structure calculations and quantum-mechanical molecular dynamics, from first principles.

VASP computes an approximate solution to the many-body Schrödinger equation, either within density functional theory (DFT), solving the Kohn-Sham equations, or within the Hartree-Fock (HF) approximation, solving the Roothaan equations. Hybrid functionals that mix the Hartree-Fock approach with density functional theory are implemented as well. Furthermore, Green's functions methods (GW quasiparticles, and ACFDT-RPA) and many-body perturbation theory (2nd-order Møller-Plesset) are available in VASP.

ΠΡΟΣΟΧΗ

Το VASP είναι προσβάσιμο μόνο από χρήστες που ανήκουν στο group vasp_ssp.

VASP 5.4.4

Παράδειγμα χρήσης

Μεταβαίνουμε στο $SCRATCHDIR όπου και δημιουργούμε ένα νέο φάκελο

# cd $SCRATCHDIR
# mkdir VASP-5.4.4-case
# cd VASP-5.4.4-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου (INCAR, DOSCAR, EIGENVAL κτλ)

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε είναι το εξής:

#!/bin/bash
#PBS -q see
#PBS -N VASP-5.4.4-case
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=16,walltime=1:00:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR
module load gcc/7.2.0 openmpi/3.0.0 openblas/0.2.20
module load vasp/5.4.4
ulimit -s unlimited

mpiexec vasp > ${PBS_JOBNAME}.out

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω VASP-5.4.4-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# qsub VASP-5.4.4-case.sh

Παρακολουθούμε την εξέλιξη της εργασίας με qstat και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f VASP-5.4.4-case.out

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές:

  • gcc/7.2.0
  • openmpi/3.0.0

Επιπλέον βιβλιοθήκες συστήματος που χρησιμοποιήθηκαν είναι οι εξής:

  • openblas/0.2.20