Περιγραφή¶
NAMD, recipient of a 2002 Gordon Bell Award, a 2012 Sidney Fernbach Award, and a 2020 Gordon Bell Prize, is a parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems. Based on Charm++ parallel objects, NAMD scales to hundreds of cores for typical simulations and beyond 500,000 cores for the largest simulations. NAMD uses the popular molecular graphics program VMD for simulation setup and trajectory analysis, but is also file-compatible with AMBER, CHARMM, and X-PLOR. NAMD is distributed free of charge with source code. You can build NAMD yourself or download binaries for a wide variety of platforms. Our tutorials show you how to use NAMD and VMD for biomolecular modeling.
NAMD 3.0b6¶
Προσοχή!
Σύμφωνα με τους όρους χρήσης του λογισμικού, οποιαδήποτε δημοσίευση (επιστημονικό άρθρο, διατριβή, διαδικτυακή ανάρτηση κλπ) γίνει με χρήση του NAMD πρέπει απαραίτητα να περιλαμβάνει το κατάλληλο acknowledgement. Για περισσότερες πληροφορίες μπορείτε να ανατρέξετε στο αρχείο /mnt/apps/prebuilt/NAMD/3.0b6/license.txt.
Παράδειγμα χρήσης¶
Note
Για πληροφορίες σχετικά με τη χρήση του NAMD μπορείτε να συμβουλευτείτε το αρχείο /mnt/apps/prebuilt/NAMD/3.0b6/notes.txt, καθώς και τα διάφορα link που αναφέρονται εντός.
Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=ampere
#SBATCH --job-name=NAMD-3.0b6-case
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --time=30:00
module load NAMD/3.0b6
namd3 abf.conf
Στο συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε τα εξής αρχεία εισόδου:
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω NAMD-3.0b6-case.sh.
# mkdir NAMD-3.0b6-case
# cd NAMD-3.0b6-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch NAMD-3.0b6-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out