Περιγραφή¶

TURBOMOLE is a collaborative, multi-national software development project aiming to provide highly efficient and stable computational tools for quantum chemical simulations of molecules, clusters, periodic systems, and solutions.

Διατίθενται οι εκδόσεις 7.8, 7.7, 7.6 και 7.5 του λογισμικού.

Documentation

Σημείωση

Η προμήθεια του λογισμικού χρηματοδοτήθηκε από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ) και από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ), από το Έργο με αρ. Σύμβασης Έργου 1536 του οποίου Επιστημονικός Υπεύθυνος είναι ο επ. καθ. Εμμανουήλ Κουκάρας.

The software was procured by funding from the Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI) and the General Secretariat for Research and Innovation (GSRI), through the Research Project with grant agreement No 1536 with Principle Investigator Assist. Prof. Emmanuel Koukaras.

Turbomole 7.8¶

Προετοιμασία αρχείων εισόδου¶

Η προετοιμασία των αρχείων εισόδου γίνεται με το πρόγραμμα define. Για να φορτώσουμε το define στο περιβάλλον εργασίας μας, δηλαδή στο login node, εκτελούμε τις παρακάτω εντολές:

$ module load turbomole/7.8
$ source $TURBOMOLE_HOME/Config_turbo_env

Υποβολή MPI εργασιών¶

Αφότου έχει γίνει η προετοιμασία των αρχείων εισόδου, μπορούμε να υποβάλλουμε ένα παράλληλο job στη συστοιχία ώστε να εκτελεστεί η βελτιστοποίηση. Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=turbomole-7.8-case
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --time=30:00

export PARA_ARCH=MPI
export PARNODES=${SLURM_NTASKS}

module load turbomole/7.8
source "${TURBOMOLE_HOME}/Config_turbo_env"

export MPI_USESRUN=1

ulimit -s unlimited

jobex -ri > jobex.out

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω turbomole-7.8-case.sh.

$ mkdir turbomole-7.8-case
$ cd turbomole-7.8-case
$ wget https://hpc.it.auth.gr/applications/assets/turbomole-7.8-case.sh
$ wget https://hpc.it.auth.gr/applications/assets/turbomole-case.tar.gz
$ tar -xf turbomole-case.tar.gz

Στον τρέχοντα φάκελο μπορούμε να δούμε το βασικό αρχείο εισόδου (control) και τα συνοδευτικά αρχεία που χρειάζονται για την εκτέλεση του job.

# ls
auxbasis  Caffeine_Original  coord  turbomole-case.tar.gz
basis     control            mos    turbomole-7.8-case.sh

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή:

$ sbatch turbomole-7.8-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

$ tail -f *.out

Προηγούμενες εκδόσεις¶

Για να χρησιμοποιήσουμε μία από τις προηγούμενες εκδόσεις (7.5, 7.6 ή 7.7) αρκεί στα παραπάνω να αντικαταστήσουμε την έκδοση στην εντολή module load. Για παράδειγμα

module load turbomole/7.5
module load turbomole/7.6
module load turbomole/7.7

Γραφικό Περιβάλλον TmoleX¶

Για την προετοιμασία των αρχείων εισόδου διατίθεται και το λογισμικό TmoleX. Για να χρησιμοποιήσουμε το γραφικό περιβάλλον του TmoleX στην συστοιχία μπορούμε να επισκεφτούμε με έναν browser την σελίδα: https://hpc.auth.gr και να ακολουθήσουμε τα παρακάτω βήματα:

Από το menu επιλέγουμε Interactive Apps -> Aristotle Desktop
Στην συνέχεια επιλέγουμε στην φόρμα το χρονικό διάστημα (σε ώρες) και τον αριθμό των CPU cores που θέλουμε να χρησιμοποιήσουμε.
Eφόσον η εργασία ξεκινήσει, μπορούμε να επιλέξουμε Launch Aristotle Desktop.
Αφού ανοίξουμε το Desktop, μπορούμε να επιλέξουμε το TmoleX από το μενού Applications -> Chemistry -> TmoleX24.