Περιγραφή¶
PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner.
PLINK 1.07¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας.
# mkdir PLINK-1.07-case
# cd PLINK-1.07-case
Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.
Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=PLINK-1.07-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00
module load gcc/8.2.0 PLINK/1.07
plink --noweb --ped file1.ped --map file1.map --maf 0.05 --assoc
Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω PLINK-1.07-case.sh
) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:
# sbatch PLINK-1.07-case.sh
Παρακολουθούμε με squeue
την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
τελευταία ενημέρωση:
August 21, 2019