Περιγραφή

Multistrand, kinetic simulator for nucleic acid

Mutlistrand 2.1.3

Multistrand User Manual

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.

# mkdir multistrand-2.1.3-case
# cd multistrand-2.1.3-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή μίας εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=multistrand-2.1.3-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load gcc/8.2.0 python/2.7.15 NUPACK/3.2.2 multistrand/2.1.3

python code.py 

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω multistrand-2.1.3-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch multistrand-2.1.3-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

---

τελευταία ενημέρωση: August 21, 2019