Περιγραφή¶

Quantum Espresso is an integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale.

Quantum Espresso 6.7.0¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας, έστω QE-6.7.0-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=QE-6.7.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --time=20:00

module load gcc/10.2.0 mvapich2/2.3.4
module load quantum-espresso/6.7.0

export ESPRESSO_PSEUDO=$PWD

echo "running the geometry relaxation for CO...\c"
echo "Run starts :  `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "
echo "Running Quantum Espresso with" $SLURM_NTASKS "MPI tasks"

time srun pw.x < co.rx.in > output.log

echo "Run ends : `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο

# mkdir QE-6.7.0-case
# cd QE-6.7.0-case

όπου τοποθετούμε τα παρακάτω αρχεία εισόδου:

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch QE-6.7.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f output.log

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές:

gcc/10.2.0
mvapich2/2.3.4
openblas/0.3.12
netlib-scalapack/2.1.0
fftw/3.3.8

Για την γραμμική άλγεβρα και τον διακριτό μετασχηματισμό Fourier χρησιμοποιήθηκε η βιβλιοθήκη: intel-mkl-2020.3.279

Quantum Espresso 6.4.1¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας, έστω QE-6.4.1-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=QE-6.4.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --time=20:00

module load gcc/8.2.0 openmpi/3.1.3
module load quantum-espresso/6.4.1

export ESPRESSO_PSEUDO=$PWD

echo "running the geometry relaxation for CO...\c"
echo "Run starts :  `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "
echo "Running Quantum Espresso with" $SLURM_NTASKS "MPI tasks"

time srun pw.x < co.rx.in > output.log

echo "Run ends : `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές:

gcc/8.2.0
openmpi/3.1.3

Επιπλέον βιβλιοθήκες που χρησιμοποιήθηκαν που αφορούν την γραμμική άλγεβρα και τον διακριτό μετασχηματισμό Fourier είναι οι εξής:

netlib-scalapack-2.0.2
openblas-0.3.3
fftw-3.3.8

THERMO_PW 1.4.1¶

Thermo_pw reads the same input as the pw.x code of QE and produces postscript figures of some material properties.

Παράδειγμα χρήσης¶

Τα example scripts του thermo_pw μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην συστοιχία ακολουθώντας την παρακάτω διαδικασία.

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο, όπου αντιγράφουμε τα examples του thermo_pw τα οποία περιλαμβάνουν τα αρχεία environment_variables και thermo_pw.sh:

# mkdir thermo_pw
# module load gcc/10.2.0 mvapich2/2.3.4
# module load quantum-espresso/6.7.0
# cp -r $QUANTUM_ESPRESSO_ROOT/examples thermo_pw_examples

Για να προχωρήσουμε στην υποβολή μίας εργασίας που τρέχει το run_example script του example01 εκτελούμε τις παρακάτω εντολές:

# cd thermo_pw_examples/example01
# sbatch thermo_pw.sh

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f output.log

Χρήσιμες πληροφορίες¶

Το αρχείο εισόδου για αυτό το test case έχει δημιουργηθεί με βάση το παράδειγμα example02 του Quantum Espresso.

Περισσότερα παραδείγματα μπορείτε να βρείτε εδώ.

Αρχεία pseudopotentials μπορείτε να αναζητήσετε εδώ.

τελευταία ενημέρωση: May 21, 2021