Περιγραφή

MrBayes is a program for Bayesian inference and model choice across a wide range of phylogenetic and evolutionary models. MrBayes uses Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods to estimate the posterior distribution of model parameters.

HOME Page

MrBayes 3.2.7

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mrbayes-3.2.7-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8

module load gcc/8.2.0 openmpi/3.1.4 MrBayes/3.2.7a

srun mb sceloporus.nex

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω mrbayes-3.2.7-case.sh.

# mkdir mrbayes-3.2.7-case
# cd mrbayes-3.2.7-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα της εφαρμογής (sceloporus.nex). Για να αντιγράψουμε τα αρχεία του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load gcc openmpi mrbayes/3.2.7
# cp $MRBAYES_ROOT/examples/sceloporus.nex .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch mrbayes-3.2.7-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f sceloporus.nex.*.p
# less slurm-*.out

Για να δούμε τα διαθέσιμα commands του MrBayes μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module mrbayes στο Login Node και να ξεκινήσουμε το λογισμικό interactively με την εντολή:

# mb