Περιγραφή¶
Collection of Python scripts that call routines of the ESA SentiNel Application Platform (SNAP) to perform TOPSAR interferometric processing producing compatible inputs for the open-source StaMPS package.
SNAP2StaMPS v2¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Προσοχή!
Καθώς το SNAP2StaMPS έχει γίνει κεντρικά setup, για να τρέξουν οι εντολές, δίνουμε απευθείας την εντολή (όπως φαίνεται στο παράδειγμα παρακάτω) και όχι ως python <εντολή>.py (όπως γράφει στις επίσημες οδηγίες).
Προκειμένου να χρησιμοποιήσετε τα script του SNAP2StaMPS θα πρέπει να δημιουργήσετε ένα αρχείο ρυθμίσεων project_stripmap.conf ή project_topsar.conf (σύμφωνα με το υπόδειγμα στην ιστοσελίδα του λογισμικού) όπου θα ορίζετε διάφορες παραμέτρους και τοποθεσίες αρχείων που θα χρησιμοποιηθούν. Στο αρχείο αυτό, η ενότητα [SNAP_GPT] θα πρέπει να συμπληρωθεί ως εξής:
[SNAP_GPT]
SNAP_INSTALLATION_FOLDER = /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps/snap
SNAP_HOME_DIR = /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps/snap/.snap
#####################################################################
Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH -J snap2stamps-2-case
#SBATCH -p batch
#SBATCH -t 1-00:00:00
module load gcc/9.4.0-eewq4j6 openmpi/4.1.2-nfk6aky fftw/3.3.10-6awposg
module load miniconda3/4.10.3
module load jblas/v1.2.4
source $CONDA_PROFILE/conda.sh
conda activate /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps
auto_run -F project_topsar.conf
Note
Σε περίπτωση που χρειάζεστε κι άλλα πακέτα, θα χρειαστεί πρώτα να αντιγράψετε το παραπάνω conda environment εκτελώντας στη γραμμή εντολών conda create --clone /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps -n <όνομα περιβάλλοντος>. Ύστερα θα τροποποιήσετε αντίστοιχα το αρχείο υποβολής (αντί για conda activate /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps θα βάλετε conda activate <όνομα περιβάλλοντος> με το όνομα του δικού σας conda environment). Στο νέο περιβάλλον μπορείτε πλέον να εκτελέσετε conda install για τα πακέτα που θέλετε.
Προσοχή!
Εφόσον εργάζεστε σε cloned environment, εάν αλλάξετε το πακέτο snap, θα πρέπει αντίστοιχα να τροποποιηθεί και η ενότητα [SNAP_GPT] στα αρχεία ρυθμίσεων. Συγκεκριμένα, στα σημεία όπου γράψαμε /mnt/apps/prebuilt/snap2stamps/.snap2stamps θα πρέπει τώρα να βάλετε το path του νέου σας περιβάλλοντος. Εάν δεν έχετε ορίσει εσείς κάποιο path, το path θα είναι /home/<πρώτο γράμμα username>/<username>/.conda/envs/<όνομα περιβάλλοντος>.
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε το αρχείο ρυθμίσεων και το script υποβολής της εργασίας, έστω snap2stamps-2-case.sh.
# mkdir snap2stamps-2-case
# cd snap2stamps-2-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch snap2stamps-2-case.sh ως εξής:
# sbatch snap2stamps-2-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out