Skip to content

Περιγραφή

ModelTest-NG is a tool for selecting the best-fit model of evolution for DNA and protein alignments.

ModelTest 0.1.5

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=modeltest-0.1.5-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=30:00

module load modeltest 

modeltest-ng -p 2 -i tiny.fas

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε ως input το αρχείο tiny.fas που περιλαμβάνεται στα example data του ModelTest.

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω modeltest-0.1.5-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:

# mkdir modeltest-0.1.5-case
# cd modeltest-0.1.5-case
# module load modeltest
# cp $MODELTEST/example-data/dna/tiny.fas .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch modeltest-0.1.5-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# less -f tiny.fas.log

Εφόσον η εργασία ολοκληρωθεί επιτυχώς θα παραχθεί τα αρχεία tiny.fas.*.