Skip to content

Περιγραφή

AdapterRemoval searches for and removes remnant adapter sequences from High-Throughput Sequencing (HTS) data and (optionally) trims low quality bases from the 3’ end of reads following adapter removal.

AdapterRemoval 2.3.0

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

$ mkdir AdapterRemoval-2.3.0-case
$ cd AdapterRemoval-2.3.0-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

Για το παράδειγμα αυτό θα χρησιμοποιήσουμε το αρχείο reads_1.fq.

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή της εργασίας, για παράδειγμα AdapterRemoval-2.3.0-case.sh, θα έχει τα εξής περιεχόμενα:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=AdapterRemoval-2.3.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=05:00

# conda commands
module load gcc/9.2.0 miniconda3
source $CONDA_PROFILE/conda.sh
conda activate /mnt/apps/prebuilt/AdapeterRemoval
export PATH=$CONDA_PREFIX/bin:$PATH

# Run AdapterRemoval commands
AdapterRemoval --file1 reads_1.fq --basename output_single --trimns --trimqualities --gzip

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

$ sbatch AdapterRemoval-2.3.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, για παράδειγμα ως εξής:

$ less output_single.truncated.gz 

Επιπλέον όταν ολοκληρωθεί η εργασία, μπορούμε να τυπώσουμε το standard output και error με την εντολή:

$ cat slurm-*.out

Εγκατάσταση του AdapterRemoval σε conda environment

Για να εγκαταστήσουμε το AdapterRemoval σε enviroment στο $HOME directory μας, ενδεχομένως μαζί με άλλα εργαλεία, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

$ module load gcc/9.2.0 miniconda3
$ conda create AdapterRemoval-env
$ source $CONDA_PROFILE/conda.sh
$ source activate AdapeterRemoval-env
$ conda install -c bioconda adapterremoval

Για να χρησιμοποιήσουμε το δικό μας environment αντί για την κεντρική εγκατάσταση αρκεί να αντικαστήσουμε την παρακάτω γραμμή του script υποβολής AdapterRemoval-2.3.0-case.sh:

$ conda activate /mnt/apps/prebuilt/AdapeterRemoval

Με την εξής:

$ conda activate AdapterRemoval-env