CP2K¶

CP2K is a quantum chemistry and solid state physics software package that can perform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems.

CP2K 2024.1¶

Διαθέσιμες εκδοχές της εφαρμογής στη συστοιχία

Η έκδοση CP2K 2024.1 είναι διαθέσιμη σε εκδοχή κατάλληλη για χρήση αποκλειστικά σε CPU (CPU only variant).

Παράδειγμα χρήσης¶

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

# mkdir CP2K-2024.1-case
# cd CP2K-2024.1-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε:

Το script υποβολής της εργασίας έχει τα εξής περιεχόμενα:

CP2K SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cp2k
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=20

module load gcc/13.2.0-i
module load openmpi/5.0.3
module load cp2k/2024.1

srun cp2k.popt H2O-64.inp

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch CP2K-2024.1-case.sh ως εξής:

# sbatch CP2K-2024.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f slurm-*.out

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές:

gcc/13.2.0-i
openmpi/5.0.3