Περιγραφή¶
gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files.
gmx_MMPBSA v1.5.6¶
Συνδεόμαστε στον aristotle.it.auth.gr
μέσω ssh και δημιουργούμε ένα νέο φάκελο:
# mkdir gmx_MMPBSA-v1.5.6-case
# cd gmx_MMPBSA-v1.5.6-case
Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gmxMMPBSA-v1.5.6_test
#SBATCH --partition=rome
#SBATCH --time=30:00
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --nodes=1
module load gcc/10.2.0 miniconda3/4.8.2
source $CONDA_PROFILE/conda.sh
conda activate /mnt/apps/prebuilt/gmxMMPBSA
gmx_MMPBSA_test -n $SLURM_NTASKS
Με τον τρόπο αυτό η εργασία θα τρέξει σε 1 compute node με 8 CPUs/node.
Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω gmx_MMPBSA-v1.5.6-case.sh
) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:
# sbatch gmx_MMPBSA-v1.5.6-case.sh
Παρακολουθούμε την εξέλιξη της εργασίας με την εντολή:
# squeue
Εφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, π.χ.:
# tail -f gmx_MMPBSA_test.log
Πληροφορίες εγκατάστασης¶
Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:
gcc/10.2.0
miniconda3/4.8.2
AmberTools/20
Gromacs/2021.3
MMPBSA/16.0