Μετάβαση στο περιεχόμενο

Περιγραφή

gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files.

gmx_MMPBSA v1.5.6

Συνδεόμαστε στον aristotle.it.auth.gr μέσω ssh και δημιουργούμε ένα νέο φάκελο:

# mkdir gmx_MMPBSA-v1.5.6-case
# cd gmx_MMPBSA-v1.5.6-case

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script 
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gmxMMPBSA-v1.5.6_test
#SBATCH --partition=rome
#SBATCH --time=30:00
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --nodes=1

module load gcc/10.2.0 miniconda3/4.8.2

source $CONDA_PROFILE/conda.sh

conda activate /mnt/apps/prebuilt/gmxMMPBSA

gmx_MMPBSA_test -n $SLURM_NTASKS

Με τον τρόπο αυτό η εργασία θα τρέξει σε 1 compute node με 8 CPUs/node.

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω gmx_MMPBSA-v1.5.6-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch gmx_MMPBSA-v1.5.6-case.sh

Παρακολουθούμε την εξέλιξη της εργασίας με την εντολή:

# squeue

Εφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, π.χ.:

# tail -f gmx_MMPBSA_test.log

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:

  • gcc/10.2.0
  • miniconda3/4.8.2
  • AmberTools/20
  • Gromacs/2021.3
  • MMPBSA/16.0