Περιγραφή

ASReml is a statistical software package for fitting linear mixed models using restricted maximum likelihood, a technique commonly used in plant and animal breeding and quantitative genetics as well as other fields. It is notable for its ability to fit very large and complex data sets efficiently, due to its use of the average information algorithm[1] and sparse matrix methods.

HOME Page

ASReml 4.2.0

ΠΡΟΣΟΧΗ

Το ASReml στην έκδοση 4.2.0 είναι προσβάσιμο μόνο από χρήστες που ανήκουν στο group smartvet.

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο

# mkdir ASREML-4.1.0-case
# cd ASREML-4.1.0-case

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας. Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα (examples) της εφαρμογής. Για το σκοπό αυτό διαμορφώνουμε κατάλληλα το περιβάλλον χρήσης και αντιγράφουμε τα δεδομένα εισόδου του παραδείγματος worm μέσα στο φάκελο:

# module load ASReml/4.2.0
# cp $ASREML/examples/functional/worm* .

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=asreml-4.1.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00

# CUATION: ASReml is only available to users in the group 'smartvet'

module load ASReml/4.1.0
cp $ASREML/examples/functional/worm* .

asreml worm.as

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω ASREML-4.1.0-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch ASREML-4.1.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.asr

Μπορούμε να πάρουμε τα αποτελέσματα της επίλυσης και τις γραφικές παραστάσεις από τα αρχεία εξόδου *.res.

# cat *.res

Για να δούμε τα διαθέσιμα options του ASReml4, μπορούμε να τρέξουμε στο User Interface την παρακάτω εντολή, εφόσον έχουμε ενεργοποιήσει τo module ASReml:

# asreml -h