Περιγραφή¶
HYSPLIT models simulate the dispersion and trajectory of substances transported and dispersed through our atmosphere, over local to global scales.
HYSPLIT v5.3.0 (Public)¶
Μπορείτε να διαβάσετε τις αναλυτικές οδηγίες χρήσης ανοίγοντας (πχ με Okular) σε γραφικό περιβάλλον (είτε στο ondemand είτε κατεβάζοντάς το τοπικά) το αρχείο /mnt/apps/prebuilt/hysplit.v5.3.0_CentOS7.9.2009_public/document/user_guide.pdf.
Προσοχή!
Εάν χρησιμοποιήσετε το HYSPLIT για τις ανάγκες κάποιας επιστημονικής δημοσίευσης, τότε σύμφωνα με τους Όρους Χρήσης θα πρέπει να συμπεριλάβετε το σχετικό citation όπως αναγράφεται στην ιστοσελίδα τους. Εάν το χρηιμοποιήσετε για κάποιου άλλου είδους δημοσίευση, παρουσίαση ή προϊόν, τότε θα πρέπει να συμπεριλάβετε το link προς τους Όρους Χρήσης.
Παράδειγμα χρήσης από GUI¶
Note
Η εκτέλεση του HYSPLIT από το γραφικό περιβάλλον δεν προσφέρει όλες τις δυνατότητες που έχει η εκτέλεση από τη γραμμή εντολών. Για τις διαφορές μπορείτε να ανατρέξετε στις οδηγίες χρήσης στο κεφάλαιο "EXEC Directory Programs" (σελ 246).
Συνδεόμενοι στο ondemand, θα βρούμε το HYSPLIT στα Applications, συγκεκριμένα μέσα στο μενού Physics. Κάνοντας κλικ θα εμφανιστεί ένα Terminal που μας ζητά το φάκελο με τα δεδομένα μας όπου θέλουμε να τρέξει το πρόγραμμα. Μέσα στον φάκελο αυτόν μπορούμε να έχουμε και κάποια αρχεία ρυθμίσεων (για περισσότερες πληροφορίες δείτε τις οδηγίες χρήσης στη λίστα "File Formats" σελ 10, στο Κεφάλαιο "Advanced / Configuration Setup / Set Directories", σελ 205, καθώς και άλλα κεφάλαια με τίτλους "Advanced / Configuration Setup / ..." και "Advanced / File Edit / ..."). Όποιο αρχείο δεν υπάρχει ήδη στο φάκελο θα δημιουργηθεί με κάποιες default τιμές.
Αφού πληκτρολογήσουμε το path και πατήσουμε Enter, θα μας εμφανιστεί το αρχικό παράθυρο του HYSPLIT, από όπου επιλέγουμε το κουμπί Menu. Θα εμφανιστούν δύο παράθυρα, το κεντρικό ("Menus of Hysplit") και ένα μικρότερο ("Hysplit") το οποίο πρέπει να μείνει ανοιχτό γιατί αλλιώς κλείνει και το άλλο. Από το κεντρικό παράθυρο έχουμε διάφορες επιλογές. Ας πούμε ότι επιλέγουμε το Concentration.
Στο μενού που ανοίγει, καταρχάς από το Setup Run θα επιλέξουμε το μοντέλο μας και τις σχετικές παραμέτρους. Ύστερα από το ίδιο μενού μπορούμε είτε να εκτελέσουμε την προσομοίωση τοπικά επιλέγοντας Run Model είτε να την εκτελέσουμε παράλληλα ως job στο ondemand partition, ανοίγοντας το υπομενού Multi-Processor και επιλέγοντας όποια από τις τρεις μεθόδους παραλληλοποίησης θέλουμε (για λεπτομέρειες μπορείτε να ανατρέξετε στις οδηγίες χρήσης στο κεφάλαιο "Concentration / Multi-processor", σελ 180).
Ας επιλέξουμε πχ την πρώτη επιλογή. Θα εμφανιστεί ένα νέο παράθυρο με τέσσερα textbox. Προσέχουμε στο πρώτο textbox να μην βάλουμε μεγαλύτερο αριθμό επεξεργαστών από όσους πήραμε όταν ανοίξαμε το Aristotle Desktop, γιατί τότε η προσομοίωση δεν θα εκτελεστεί καθόλου. Στο δεύτερο textbox γράφουμε την εντολή που θέλουμε να εκτελεστεί και στο τρίτο μπορούμε και πάλι να επιλέξουμε μέθοδο παραλληλοποίησης. Το τελευταίο textbox γράφει το working directory και δεν χρειάζεται να αλλάξει. Εκτελούμε την προσομοίωση πατώντας το κουμπί Execute Simulation.
Note
Τα κουμπιά Help δεν λειτουργούν διότι δεν διαθέτουμε web browser.
Παράδειγμα χρήσης με batch script¶
Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=HYSPLIT-5.3.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=2
module load gcc/9.4.0-eewq4j6 mvapich2/2.3.7-ne3jv3z netcdf-fortran eccodes/2.25.0-vhkeicx HYSPLIT/5.3.0
# We try a contour plot command on the example data found in
# /mnt/apps/prebuilt/hysplit.v5.3.0_CentOS7.9.2009_public/examples/wildfire/
# These are the files we need
cp /mnt/apps/prebuilt/hysplit.v5.3.0_CentOS7.9.2009_public/examples/wildfire/* .
cp setup_wildfire SETUP.CFG
cp control_wildfire CONTROL
cp EMITIMES.txt EMITIMES
cp /mnt/apps/prebuilt/hysplit.v5.3.0_CentOS7.9.2009_public/bdyfiles/ASCDATA.CFG .
cp /mnt/apps/prebuilt/hysplit.v5.3.0_CentOS7.9.2009_public/graphics/arlmap .
# HYSPLIT commands
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} hycs_std
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} concplot -b100 -t100 -c4 -k2 -z90 -uug -n40:40 -v500+200+100+50+20+10
Στο παραπάνω script χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα από ένα έτοιμο παράδειγμα που προσφέρεται με το λογισμικό. Για τη γενική περίπτωση, στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω HYSPLIT-5.3.0-case.sh.
# mkdir HYSPLIT-5.3.0-case
# cd HYSPLIT-5.3.0-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch HYSPLIT-5.3.0-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
Πέραν του αρχείου slurm-xxxxxxx.out, θα δημιουργηθούν αρχεία αποτελεσμάτων (πχ με κατάληξη .ps) τα οποία θα πρέπει να ανοίξετε σε γραφικό περιβάλλον, είτε κατεβάζοντάς τα τοπικά είτε ανοίγοντάς τα από το ondemand (πχ με Okular).