Περιγραφή¶
ORCA is an ab initio, DFT, and semi-empirical SCF-MO package developed by Frank Neese et al. at the Max Planck Institut für Kohlenforschung.
ORCA 5.0.4¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής μίας εργασίας.
# mkdir ORCA-5.0.4-case
# cd ORCA-5.0.4-case
Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου.
Θα χρησιμοποιήσουμε ως παράδειγμα ένα example input file που δίνεται στα general input examples της εφαρμογής:
test input file (test.inp)
%pal nprocs 8 end
! B3LYP def2-SVP Opt
# B3LYP is here the method (DFT functional),
# def2-SVP the basis set and Opt is the jobtype.
*xyz 0 1
H 0.0 0.0 0.0
H 0.0 0.0 1.0
*
Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για την υποβολή της εργασίας εμφανίζεται παρακάτω:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ORCA-5.0.4-test
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --time=1:00:00
module load gcc/9.4.0-eewq4j6 openmpi/4.1.4-koyl265
module load orca/5.0.4-openmpi-4.1.4
$ORCA/orca test.inp
Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω ORCA-5.0.4-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:
# sbatch ORCA-5.0.4-case.sh
Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
ORCA 5.0.3¶
Για να χρησιμοποιήσουμε την έκδοση 5.0.3 μπορούμε να ενεργοποιήσουμε τα αντίστοιχα modules:
- gcc/9.4.0-eewq4j6
- openmpi/4.1.1-3wonbjz
- orca/5.0.3-openmpi-4.1.1
ORCA 4.2.1¶
Για να χρησιμοποιήσουμε την έκδοση 4.2.1 μπορούμε να ενεργοποιήσουμε τα αντίστοιχα modules:
- gcc/6.4.0
- openmpi/3.1.4
- orca/4.2.1-openmpi-3.1.4