Περιγραφή

BayeScan aims at identifying candidate loci under natural selection from genetic data, using differences in allele frequencies between populations. BayeScan is based on the multinomial-Dirichlet model.

Home Page

BayeScan 2.1

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH -J BayeScan-2.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=8

module load bayescan/2.1

bayescan2 -threads $SLURM_NTASKS test_genotype_SNP.txt

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω bayescan-2.1-case.sh.

# mkdir bayescan-2.1-case
# cd bayescan-2.1-case

Θα χρησιμοποιήσουμε ένα από τα παραδείγματα της εφαρμογής. Για το σκοπό αυτό διαμορφώνουμε κατάλληλα το περιβάλλον χρήσης και αντιγράφουμε τα δεδομένα εισόδου του παραδείγματος test_genotype_SNP μέσα στο φάκελο:

# module load bayescan/2.1
# cp $BAYESCAN/input_examples/test_genotype_SNP.txt .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch bayescan-2.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f slurm-*.out
# cat test_genotype_SNP_fst.txt

R functions

To BayeScan περιλαμβάνει και R functions τα οπόια είναι διαθέσιμα στο PATH: $BAYESCAN/R_functions. Για να χρησιμοποιήσουμε τα R functions θα χρειαστεί να ενεργοποιήσουμε τα παρακάτω modules:

# module load gcc/9.2.0 r bayescan
# Rscript $BAYESCAN/R_functions/plot_R.r